微生物生态学定义.PPT

目前关于DAMO的研究尚处于起步阶段，由于缺乏足够的DAMO富集物（截止目前共有四种DAMO富集物），对DAMO机理、以及DAMO过程中ANME和NC10门细菌所扮演的角色也尚不明确，只是推测古菌在还原NO3-为NO2-的过程中起了重要作用，而细菌则在还原NO2-成氮气的过程中起了关键作用。与SAMO不同，迄今发现的DAMO主要发生于淡水环境，例如淡水沉积物和人工污水处理系统中。这些环境中硫酸盐浓度较低，NO3-和NO2-是主要的电子受体，且淡水沉积物中有机质含量较高，分解后释放的甲烷极易与NO3-或NO2-接触，继而发生DAMO过程。 三、其它AOM途径 除SO42-、NO2-和NO3-外是否可能还存在其他AOM的电子受体?在各种水体中往往会含有较多的高价金属和非金属离子，如Fe3+、MnO4-和ClO4-等，从热力学角度分析，这些物质与甲烷反应所释放的能量都较大，因而它们都有可能成为AOM过程的电子受体，AOM过程可能会有更多的代谢途径。 流式细胞技术（FCM） 微阵列技术 基因指纹图谱技术 扩增rDNA限制性片段分析（ARDRA） 限制性酶切片段长度多态性分析（RFLP） 单链构象多态性分析（SSCP） 末端限制性片段长度多态性分析（T-RFLP） 变性梯度凝胶电泳（DGGE） 温度梯度凝胶电泳（TGGE） 扩增片断长度多态性（AFLP) 随机扩增多态性DNA（RAPD) 荧光原位杂交（FISH） 宏基因组文库 5: 环境微生物生态学研究方法 5.1 微阵列技术 微阵列（Microarray）是近些年发展起来的一种非常有用的染色体基因组技术，1998年被《science》杂志和媒体评为10项最有突破的技术之一。 该技术是一种新的研究工具，它可以让研究人员从综合和动态的分子角度观察不同生理状况的活细胞中基因的转录、表达。为细胞生长、分化和进化到疾病的发病机理、耐药性和癌症、新药开发、环境治理等研究提供了有效的工具。 一、DNA微阵列的概念 通过自动化的仪器将大量的DNA序列附着在几个平方厘米的固体基质上，包含数千至数万个核苷酸探针的小型化阵列。这些微阵列常被称为微芯片、生物芯片、DNA芯片或基因芯片，但为了与计算机芯片区分开来，统一称之为微阵列。 DNA序列来源：PCR、cDNA、RNA; 1）高通量和平行分析 2）高灵敏度 3）不同标记，同时分析 4）背景干扰低 5）实时数据分析 6）自动化控制 优点 二、DNA微阵列检测过程 三、DNA微阵列在不可培养微生物研究中应用 微阵列作为一种特异性好、灵敏度高、可定量及高通量的技术，在不可培养微生物的检测和鉴定中有着巨大的应用前景。 系统发育寡核苷酸芯片 功能基因芯片 群落基因组芯片 宏基因组芯片 全基因组开放阅读框芯片 5.2 宏基因组学（metagenomic） 人类基因组计划(human genome project，HGP)的完成，从结构基因组学进入以功能性基因组研究为主的后基因组时代。 迄今，在微生物学研究领域中，99%以上的微生物都是不可(难)被纯培养的，过去人们对微生物世界的认识基本上都集中在不到1%的微生物上。在自然条件下，微生物广泛参与C、N、O和S等重要元素的循环转化，并在人体的食物消化、毒素降解及机体免疫反应、环境污染物降解等方面发挥着重要作用；微生物通过其群落而非单一个体来执行这些重要功能，而目前人们对微生物的认识主要基于实验室纯培养的单一微生物物种，对微生物群落作为整体的功能的认识远远落后于对其个体的认识。 1998年，科学家Handelsman首次提出了宏基因组的概念，并定义为：一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以功能基因筛选和测序分析为研究手段，以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系、及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法，并第一次使用了Metagenomic这个名词。 宏基因组学是一种基于无需预先培养来利用环境样品基因组资源，获得活性物质和功能基因的新技术，因而绕过了菌种纯培养障碍，可直接从自然界获取遗传信息，极大拓宽了微生物资源的利用空间，正成为国际生命科学研究最重要的热点之一。 MetaHIT （Metagenomics of the Human Intestinal Tract）project：人类肠道宏基因组计划。 MetaHIT计划是由欧盟第七框架计划(FP7)资助的子项目之一。该项目的合作伙伴包括了来自中国、美国、丹麦、法国、日本、