用于Illumina测序平台数据分析的图像界面软件需求.docVIP

用于llumina测序平台数据分析的图像界面软件专用于Illumina测序平台数据分析的图像界面软件 是一款生物信息学综合分析工具，其界面友好直观，操作简便，易于掌握。除了基本的分子工具外，如序列比对、进化树构建等， 还可对所有主流的二代测序平台产生的测序结果进行数据分析，如重测序分析、转录组学分析、表观基因组学分析和从头拼接，并且该软件还可自定义标准化的工作流程（Workflow）用于Illumina16S，18S，ITS及其他扩增区域的二代测序数据分析。 购置数量：1 主要技术参数 1、该软件是一个基因组工作台综合分析包，它可以分析可视化数据所有主要的NGS平台，比SOLiD454、Illumina、Ion Torrent 的数据。 2、适用的测序数据 一代测序数据 几乎所有的二代测序平台产生的数据，如 SOLiD、LifeIon Torrent、Complete Genomics、Roche454、Illumina Genome Analyzer； 三代测序数据Bio平台 3、提供De?novo或公开数据库的OT丛集比对。 、使用自动分析流程，可快速获得病原种类及分型病毒实验室用于二代测序信息分析 5、数据库支持，可以自动连接相关基因数据库 5.1、可下载及分类NCBI全部微生物基因组数据库 5.2、可下载整合 GO 数据库 5.3、可下载整合 Protein Family-Pfam 数据库 5.4、可下载整合病原物种序列数据库 5.5、可下载整合抗药性基因数据库 6、分类及组态分析 6.1、分析16S, 18S, ITS及其他扩增区域的二代测序数据分析 6.2、提供 De novo或公开数据库的OTU 丛集比对 6.3、OTU 数据库: Greengenes, SILVA, and UNITE 6.4、可针对不同分类层级的结果搭配样本注解一同呈现 6.5、对微生物全基因组序列进行分类 6.6、可针对特别功能性区域进行数据汇整分类 7、统计分析 7.1、计算群内群外的样本差异 7.2、搭配样本注解提供PCA plot 结果呈现 7.3、PERMANOVA 统计分析 7.4、统计不同样本的微生物族群丰度 7.5、测量均质化OTU丰度 7.6、评估统计差异 7.6、探索样本之间的关系系数 8、使用自动分析流程, 可快速获得病原种类及分型: 8.1、Multi locus sequence type (MLST) 8.2、分类 8.3、最接近的物种及参考序列 8.4、微生物抗药性基因 8.5、建立基因亲缘树 8.6、根据分型及亲缘分析, 可以了解病源爆发演化的关联性 8.7、提供数据运算管理及样本注解的整合介面. 9、利用二代测序对微生物做全基因组测序并分型 10、 Read mapping 序列比对功能支持short reads、long reads 及paired reads；支持空位比对和非空位比对；支持Illumia、Sanger、Roche454 和SOLiD的测序数据。Color space mapping 比对35merSOLiD 数据，多发现的匹配数高达80%。 只要计算机有足够的内存，CLC Genomics Workbench 可以将序列比对到任意大小的基因组上。在一台内存为24G 的标准配置的计算机上，可以进行10 倍于人类基因组数据的序列比对。 11、De novo assembly De novo assembly功能支持short reads、long reads及paired reads；支持Illumina Genome Analyzer 、Sanger、Roche454和SOLiD的测序数据；可拼装任意大小的基因组。使用该功能，用户无需进行枯燥的数据运算，显著减少了手工作业量。 SNP检测 提供基于NQS（Neighborhood Quality Standard）算法的自动化SNP检测。如果参考序列带有ORF或者CDS注释，SNP检测也将报告该SNP是同义突变还是非同义突变。如果SNP导致翻译产生的蛋白质中的氨基酸发生改变，那么新的氨基酸将被报告。而它的图形用户界面能让用户轻松识别SNP，在或大或小的基因组区段都能获得SNP的全貌图。 多样本分析 在进行不同样品的批量测序时，通过使用多样本分析技术可以在同一流程中运行多个样本。通常情况下，不同样品的reads很难分离。因此，来自同一样本的reads被放在一起分析。 CLC Genomics Workbench支持大量多样本方案，包括基于名称的多种类型的多样本方案及基于标签或条码的多样本方案。 数字基因表达 支持基于Mortazavi A等方法的mRNA seq。该模块的一大优点就是统计结果基于RPKM（每百万mapped reads中每一千