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华东师范大学超算中心云计算平台 用户快速入门 曙光信息产业(北京)有限公司 拟于2009 年11 月9 日星期一 by Dolphin.Qin 1. 系统结构和配置 师大之云（CLOUD@ECNU ）高性能云计算平台，采用曙光5000A 高性能计算机最新 技术，由以下几部分组成： ——64 个刀片计算节点，每片刀片配置2 颗EXON E5450 3.0GHz 四核CPU，16GB 内 存； ——1 台Dawning I650r-H 双CPU 节点作为头结点和I/O 节点； ——10TB 高速存储； ——20Gbps Infiniband 全线速互联所有节点； 2. 访问师大之云 CLOUD@ECNU 上的账号可以通过发邮件给 jzheng@cc.ecnu.edu.cn ，联系郑老师进行 申请。有了自己的账号和密码后，可以通过SSH 登陆到集群的接入节点，方法如下图示： 曙光信息产业(北京)有限公司 拟于2009 年11 月9 日星期一 by Dolphin.Qin 通常情况下，除了登陆节点和debug 队列上的节点，不允许用户登录到集群的其它节点。 除非作业调度系统通过你正在执行的作业把这些节点分配给你。可以用如下命令得到这些作 业调度分配给你的节点列表： qstat –rn 然后通过 ssh 访问你想要访问的节点。 头结点上的每个交互进程都只有30 分钟的CPU 时间限制，除非“ulimit -a ”有不同的 限制。 默认的登陆SHELL 是/bin/bash ，另一个可以切换的SHELL 是CSH ，可以通过执行csh 实现切换。 从远程系统上传输文件可以通过 scp [-pr] ， 两个可选的选项-p 和-r 分别是“preserve permission”和“recursive copy” （对于目录copy 来说）的意思，更详细的参考man scp 。 3. 文件系统 每个用户登录后都有一个高速文件系统可供使用，即$HOME 家目录。这个目录是用户 登录到 CLOUD@ECNU 后的默认目录。该目录在整个师大之云集群上共享，每个用户有 200GB~1TB 的存储空间，具体情况根据申请时的磁盘Quota 情况来定。如果需要修改密码， 请使用yppasswd 对自己的用户密码进行修改。 4. 编译器和基础库 除了GNU gcc/g++/g77/gfortran 编译器外，“师大之云”高性能计算平台还安装了INTEL F90/C++编译器和CMKL 数学库。 GNU Intel f77 programs g77 prog.f ifort prog.f 曙光信息产业(北京)有限公司 拟于2009 年11 月9 日星期一 by Dolphin.Qin f90 programs gfortran prog.f90 ifort prog.f90 C programs gcc prog.c icc prog.c C++ programs g++ prog.cpp icpc prog.cpp ifort/icc 几个有用的编译选项： —— -O3 -xW -ip (最高级别的优化，man ifort ，man icc 查看) —— -Vaxlib （可移植的Fortran 库，像getargs, etime, ranf 等等） 要使用CMKL 的LAPACK/BLAS 数学库函数（文档位于/data/soft/libs/cmkl/9.1/doc/下）， 可以如下： -L/data/soft/libs/cmkl/9.1/lib/em64t/ -lmkl_lapack -lmkl_em64t -lguide -lpthread MPI 程序应该使用 MPI 的封装程序mpiifo