基于生物网络模型的癌症标记物.pptx

基于生物网络模型的癌症标记物识别研究 2018-4-19 1 计算机科学与技术学院 2018-4-19 2 内容 生物标记物 网络生物标记物 动态网络生物标记物 生物网络模型 2018-4-19 3 一、 生物标记物 2018-4-19 4 生物标记物 生物标记物: 能够作为一个生物学状态、致病状态等的测量指标[1]。 该指标可能是某种物质、结构 或生物过程 [1] Biomarkers and surrogate endpoints: preferred definitions and conceptual framework. Clin Pharmacol Therapeutics. 2001,69: 89–95. [2] Biomarkers in Risk Assessment: Validity and Validation. 2001. Retrieved from /documents/ehc/ehc/ehc222.htm 定义 生物标记物 Gene biomarkers 寻找生物标记物的方法 MicroRNA biomarkers 2018-4-19 5 存在的问题 生物标记物 某些分子的差异表达并非引起疾病发生的原因[1] 某些对疾病发生起重要作用的分子在保持表达量不变的前提下发生了功能上的改变[2] 研究方向： 如何从差异表达分子中选取引起疾病发生的分子？ 如何从差异表达分子中选取数目尽可能少，区分效果尽可能好的分子集合？ 2018-4-19 6 [1] Science, 2013, 339(6127): 1546-1558. [2] Trends in Genetics, 2010, 26: 326-333. 双向耦合 单向耦合 推断变量间的因果关系 生物标记物 研究表明：基因与NSCLC间的促进/抑制关系 (左图) PLOS One,9(4),2014. 研究方法1：基于分子与表型间的关系寻找生物标记物 2018-4-19 7 生物标记物 研究方法2：基于网络拓扑结构寻找生物标记物 2018-4-19 8 [1] Journal of Translational Medicine 2014, 12:66. [2] Oncotarget. 2015,6(28):26424-36. 生物标记物 结合蛋白质相互作用网络与差异表达基因 社团检测 研究表明：PPI网络中差异表达基因参与的模块中的hub gene可作为biomarker。 Molecular Biology Reports, 2013, 40(12): 6561–6568. 研究方法2：基于网络拓扑结构寻找生物标记物(续) 2018-4-19 9 生物标记物 研究方法3：优化方法 研究基于多目标优化算法（NSGA-II）,将precision, recall和特征数目作为目标，得到一系列非支配解，利用F1选择一个解。 2018-4-19 10 A multiobjective based automatic framework for classifying cancer-MicroRNA biomarkers. Gene Report, 2016, 4: 91-103. 2018-4-19 11 生物标记物 研究方法3：优化方法 Nucleic Acids Research, 2013, Vol. 41, No. 4 e53 2018-4-19 12 生物标记物（总结） 考虑： 差异表达分子 = 突变分子 Driver mutation Passenger mutation 基于建立差异表达分子间的因果关系，寻找引起疾病发生的分子 Detecting causality in complex ecosystems. Science, 2012, 338: 496-500 因果关系模型构建方法 [1] 2018-4-19 13 二、 网络生物标记物的识别 网络生物标记物 研究背景 疾病的引发不是单个基因，而是多个基因间的相互作用 某些对疾病发生起重要作用的分子在保持表达量不变的前提下发生了功能上的改变 不同数据库所得的生物标记物可能不同[1] 2018-4-19 14 [1] Ein-Dor L, Zuk O, Domany E. Thousands of samples are needed to generate a robust gene list for predicting outcome in cancer. Proc Natl Acad Sci USA, 2006,103:5923–5928 网络生物标记物 研究方法一：基于网络拓扑结构寻找网络生物标记物（例1） 15 2018-4-19 16 网络生物标