基于链置换反应的DNA自组装模型应用及其研究.pdfVIP

基于链置换反应的DNA 自组装模型应用及其研究 摘要 关键字: Abstract Key words: 第一章 绪论 1.1 研究背景及意义 1.1.1 研究背景 Watson 和 Crick 发现 DNA 的双螺旋结构之后，DNA 所具有的独特理化性质迅 速渗入到许多研究领域，如物理，化学，医学等。其中利用 DNA 的分子特异性杂 交、超强并行操作和微小性等性质应用于计算已成为研究热点。 传统的电子计算机是利用电子学原理，根据一系列指令来对数据进行处理的 机器，其核心是数字电路。在 2005 年一个高级的微处理器使用的晶体管数量达 2.89 亿个，如图 （1）。随着现在数据规模的扩大，而数据分析算法却无法得到更 好的优化，研究者开始从传统的计算机转向通过包括生物计算技术和量子理论在 内的手段来解决这类问题。与以集成电路为基础的电子计算机不同的是，生物计 算机的构想是基于沃森-克里克碱基互补配对原则和 DNA 强大的并行性特点，它 将很有可能成为下一代计算机，设想的生物计算机模型如图 （2）。DNA 自组装计 算是以DNA 分子和相关的生物酶为基本材料，借助于纳米自组装技术，通过可控 的生物化学反应来进行信息处理的一种新型计算模式。目前利用 DNA 纳米自组装 技术构建简单的逻辑计算模型，实现 DNA 微逻辑的功能化环路元件，为日后创建 基于 DNA 自组装的大规模逻辑集成电路起到了一定的推动作用。 图 1 集成晶体管 图 2 生物计算机 1.1.2 研究意义 随着纳米技术的迅速发展，在实际工作中，作用不同而结构多样的分子器 件以及具备多种结构的微元件成为现代技术的需要。当碰到 “困难”问题时，随 着数据规模的增加计算速度呈指数增加。尤其是 P/NP 问题是现在理论领域里至 今无法解决的问题。因此生物计算技术受到众科学家的青睐，其中DNA 分子的纳 米金颗粒多聚体的结构，瓦片结构，RNA，链置换技术等等是受到科学家的关注 的重要结构和技术，更重要是 DNA 具有的独特性：（1）运算的高度并行性；（2） 极大的信息存储力；（3）运算的快速性；（4）可操作性，成本低，耗能小。那么 利用 DNA 分子具备的巨大信息存储能力和 自组装生化反应的巨大并行性与纳米 金颗粒特有性相结合组装成功能多样的复合纳米结构来解决传统的电子计算机 无法解决 “困难”的问题。未来的DNA 计算机在信息存储和运算速度等方面是当 前电子计算机无法匹及的。 链置换技术和 DNA 自组装模型是实现 DNA 计算机重要技术和模型。通过设 计并进行微观操作实现功能多样结构复杂的纳米结构来构造生物计算机的分子 逻辑门，从而进行并行计算。目前国际上已经开始对 DNA 计算研究进行了资助， 日本于 1995 年最先开始对 DNA 计算进行了资助，接着，美国也开始实施对 DNA 计算的研究。并将实施在无人机上进行图像处理。虽然现在对 DNA 计算机的设计 并没有成熟，但实现并行计算和重要分子逻辑门的设计正在逐步成形。目前构造 DNA 的主要技术有：（1）基于链置换的DNA 计算；（2）酶的DNA 计算；（3）瓦片 模型的DNA 计算；（4）质粒的 DNA 计算；（5）纳米颗粒的 DNA 计算；（6）表面 DNA 计算等等。这些技术对逻辑研究、密码破译、生物医学以及信息网络的发展 都有重要的影响。据报道，2013 年斯坦福大学已经设计出了一种基因元件，它 可以像晶体管一样在活体细胞中起作用。因此研究基于链置换技术的DNA 自组装 的纳米逻辑计算系统原理及应用具有重要的意义。 1.2 国内外关于该课题的研究现状及趋势 1.2.1 基于链置换的 DNA 计算 基于链置换的 DNA 计算是利用分子系统趋向于最低能级，通过特异性识别 实现捕捉和释放等操控。近几年，该技术多用于解决 NP 问题，构建 DNA 逻辑门 以及数字环路，凭借反应快速、准确、灵敏等优势被广泛应用到 DNA 计算的研 [9] 究中。2009 年，John 等 报道了一种基于链置换技术的通用翻译器，可以有效 地将一段输入序列转换为输出序列，用于检测甲型肝炎、禽流感以及天花等 201