DNA自组装网络的建模与调控项目的可行性分析.pdfVIP

项目的可行性分析 (1) 特异性DNA编码数据库的建立 无论是对于传统的分子生物学领域如引物（Primers ）设计，还是新兴的DNA 纳米技术如基元的设计，特异性DNA 编码序列的设计都是重要的基础性工作。 申请人在攻读博士学位期间即已从事DNA 计算中的编码理论与设计方法研究， 近些年所承担项目的基础性工作也与特异性DNA 编码序列设计问题密切相关， 所以对该问题的研究从未间断，积累了较丰富的成果与经验。 目前，课题组已较为齐全地收集了国内外该方向的主要研究成果，并进行 了较为系统地分析与研究。已掌握了较短字节核酸序列的生物物理与生物化学 属性以及相关生物运算酶的特性。已建立了特异性DNA 序列相关生物约束条件 的数学模型。已通晓DNA 编码序列设计所涉及的各约束条件之间的制约关系， 并建立了一套通用的DNA 计算编码序列设计标准和策略。已较为系统地收集了 37˚C 时不同计算方法（或实验环境下）计算解链温度Tm 所需的寡核苷酸的熵变 （ΔS ），焓变（ΔH ）与自由能变（ΔG ）的计算参数，并对它们做了归一化处理。 另外，还系统地收集了37˚C 时计算ΔG 所需的悬挂末端、自由末端、单（多） 凸环、内环和堆积碱基对等的计算参数。 既然特异性DN