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antiSMASH安装 （ubuntu 17） 一、下载安装包和相关依赖包 安装包： /releases/4.0 .2/antismash-4.0.2.tar.gz 依赖包： /i nstall/#manual-install Java环境 biopython 二、安装过程 1、安装相关依赖包 ①可以使用apt进行安装的有 diamond fasttree hmmer2 muscle prodigal xml(安装包名 python mafft biopython python-virtualenv (NCBI blast+ 会跟着mafft一起安装的) ②源码安装 glimmer解压后，进入解压后的目录中，再进入 src目录中，然后执行编译命令make。返回上一层目 录，把bin 目录中的所有可执行文件复制到 /bin 目录下。 （make 是编译的命令，将源码编程成二进制文 件，编译形成的二进制文件在bin目录中，将之移动 到 /bin 中，就可以将命令加入到PATH环境变量 中。） Glimmerhmm 解压在/usr/local 目录中，然后将 glimmerhmm_linux_x86_64 重命名为glimmerhmm 同时将 glimmerhmm_linux删除掉。将glimmerhmm目录中的bin 目 录添加为环境变量。 meme解压后，然后进入解压后的目录中，然后执行命 令./configure ,然后安装apt-get install libxtst- dev ，依次执行命令 make install make clean xz解压后，进入解压后的目录中，然后依次执行命 令./configure make make install make clean 安装Java环境，在甲骨文官网下载Java的运行环 境压缩包，解压后设置环境变量即可。 将antiSMASH压缩包解压，进入到antiSMASH 目录中， 执行命令 pip install –r requirements.txt 然后执行命令 python download-datebase.py 下 载数据库到本地。 三、运行过程 1.进入antiSMASH的安装目录中。输入命令： python run_antismash.py [序列文件] 可以使用命令 python run_antiSMASH.py –h 查看命 令帮助和详细参数选项。 2.输出的结果在当前目录中，产生一个和序列文件同名 的一个目录中。下载结果到本地，使用浏览器打开。