《基因芯片技术》第7章-芯片的生物信息学.ppt

芯片生物信息学的作用 （测序为基础的）结构基因组 ? （研究基因功能为基础的）功能基因组（-omics） 电子期刊名称：OMICS: A Journal of Integrative Biology RNomics: 对细胞中全部RNA分子的结构与功能进行系统的研究，从整体水平阐明RNA的生物学意义。 系统生物学 芯片生物信息学的作用 转录组学（transcriptomics）：研究细胞、组织和器官在特定条件下的基因表达。 基因在不同的发育阶段、细胞类型、环境因素下有不同的转录和表达。 转录组学常用的手段之一：高通量的基因微阵列（基因芯片）技术 芯片生物信息学的作用 Data from Pubmed 数据形式 芯片的生物信息学： 对芯片的高密度点阵图像进行处理并从中提取杂交点荧光强度信号进行定量分析，通过有效数据的筛选和相关基因的聚类，最终整合杂交点的生物学信息，发现基因序列或表达谱与功能可能存在的联系。 芯片生物信息学的研究方向 芯片图像的处理 芯片数据预处理：normalization，弱信号处理，数据的选择和滤取，变换，修补 开发芯片数据分析的新算法，并应用这些方法，对基因功能、疾病诊断和治疗等进行分析和预测 芯片数据库设计和建立 将芯片数据与其他多种资源和信息关联 例子1：差异表达基因 例子2：疾病分型 例子3：基因聚类 例子4：生物通路分析 物理，生物，化学，环境，基因overexpressed或者knockdown 例子5：基因网络构建 例子6：周期性基因识别 Cell Cycle and Cell Division（分裂） G1 ? S ? G2 ? M，循环往复 例子7：表达量与基因结构 Highly expressed genes 从芯片表达数据得到很多基因的表达量，然后可以从大量芯片数据中归纳出高表达基因和低表达基因 基因结构（ORF长度，序列二级结构，密码子偏好性，碱基组成）与表达量的高低有相关性 例子8：算法的开发 数学上的算法 各种其他学科的方法 第二节 生物芯片的相关数据库简介 芯片数据主要特点： 同时检测成千上万个基因的表达情况 芯片生物信息学的研究方向 可以在三个复杂性依次递增的层次上进行 第一个层次是单基因层次，主要研究单个基因在实验条件下和对照条件下是否有不同的表达 第二个层次是多基因层次，主要从共同功能、相互作用、共调控等角度研究基因类 第三个层次是系统层次，试图推测隐含在基因表达模式之后的基因调控网络 数据到哪里去下载？ Gene Expression omnibus(GEO）（基因表达库汇编）公共基因表达谱数据库 Repository browser（存储流程） Platform(GPL)平台 Sample (GSM)样本 Series(GSE)系列库 Dataset(GDS)数据库 查询：在NCBI的GEO中查询 查询：在NCBI的首页查询 查询：在ArrayPress数据库查询 ArrayExpress 使用指南 1注册：无限制级用户，限制级用户，离职用户 2提交数据（1）选择分析软件类型（2）标注提交数据的项目名称和实验描述（3）选择和该批数据相关的图像文件和数据文件（4）提交该批实验的细节信息（5）出错返回 数据显示 思考题： 芯片生物信息学的作用 芯片生物信息学的定义 芯片生物信息学的研究方向有哪些？试举例说明 芯片生物信息学有哪些重要数据库，英文缩写 The End Thank you 表达量越高，ORF长度越短 表达量越高，上游区域自由能越高 表达量越高，密码子偏好性越强 基因聚类的图示 基因聚类的结果 NCBI中GEO可以查询、浏览和提交芯片数据信息，还可以进行比对 SMD数据库 系统简介： SMD是由斯坦福大学构建的基因芯片数据库系统，2000年构建完成。最初是为了满足斯坦福大学研究人员的存储、管理基因芯片数据的需要。目前，该系统已经完全开放，可以通过SMD网站免费获得SMD源代码、SMD用户提交的基因芯片实验数据，以及一些数据分析工具。 该系统应用MIAME规则。目前有来源于25个物种的5630个基因芯片实验结果。 主要组成部分： 1 核心数据表：用户和组关系表，均一化表、实验类型表、实验表、实验结果表等。 2 实验注释表：实验条件表、操作手册表 3 序列注释表：BLAST表、染色体表、引物表 4 样本注释表：对于不同物种都分别建有表格。 5 外部数据库表：包括NCBI、SwissProt、dbEST、LocusLink、RHdb、UniGene、GeneCards、Genemap99表等。 截至2007年4月15日数据库情况 选择阵列的实验者，种，亚种等信息 查询结果 * * 基因芯片技术 Gene chip technol