非的标准执行路径.docxVIP

Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径 文/Sobereva 2010-MAR-91. Gaussian程序的基本结构高斯是由很多功能不同的独立可执行程序组成的，它们被称为Link，在它们之间通过临时文件来传递数据，最主要的是rwf文件，每个Link的功能在高斯手册里都有简单介绍。Link间的调用顺序实际上是随意的，但是只有某些固定顺序的调用（还包括循环、分支、跳转方式的调用）才有意义，才能完成特定的任务。每个Link对应的可执行文件名的通式为lyyxx.exe，例如L314对应的可执行程序l314.exe就是yy=3、xx=14。yy代表的是这个Link所属的overlay，也称为层，功能相近的子程序被归在一层，如overlay 6主要是分析波函数，所以包括了L601（布居数和相关的分析）、L607（NBO分析）、L609（AIM分析）等子程序。同一层的Link也经常连在一起被调用，如L301、L302、L303、L311、L314它们总是连在一起调用来完成基组的设定和电子积分。L0、L1、L9999相对其它Link较为特殊，它们并不用来执行实际的计算，而且不论何种任务，它们都一定会执行。L0：在程序最开始执行，用来初始化运行环境。与L0对应的程序并不叫L0.exe，若在高斯03中，dos版本它就对应g03.exe，windows GUI版本就是g03W.exe，unix版本就对应g03。L0会创建L1进程，然后在全部Link调用结束前会一直保持睡眠状态。L0还会把输入文件复制成一份“内部输入文件”到用户设的scratch目录中，其名字在windows版本下就是gxx.inp，在unix版本下为“进程id 号.inp”，任务正常结束后会被自动删掉，其内容相对于输入文件没有了注释行（开头为!的行），并且用@来引用的外部文件会在其中被展开。L1：被Link 0所调用。用来初始化临时文件、解析输入文件中route section段落的关键词、生成调用以后Link所需的命令行指令。L1和L0共同组成overlay 0。l9999：最后一个被调用的Link，进行任务的扫尾工作。它确保最重要的信息已写入chk，输出第三方程序所需的文件（如.wfn波函数文件），生成档案条目（是指在格言之前输出的那段计算数据的紧凑描述），输出古怪的格言，最后结束整个任务。------------------2. 内部选项(IOp,Internal Option)每个Link都有其IOp，各个选项的选项值决定了这个Link如何运行，每个IOp的解释可以在高斯官方网站查到，遇见个别查不到的，需用《察看Gaussian全部IOP的方法》（/sobereva/blog/item/430711096b0104c83bc76319.html）文中的方法。在route section段落所指定的计算任务和方法被L1所解析后，哪些Link会被调用，并且以什么参数来调用就确定了。例如# HF/STO-3G会被解析成下面这样，称为非标准路径（不同高斯版本解析出的结果可能有些不同）：1/38=1/1;2/17=6,18=5,40=1/2;3/6=3,11=9,16=1,25=1,30=1/1,2,3;4//1;5/5=2,32=1,38=5/2;6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;99/5=1,9=1/99;上面每行内容格式是：yy/选项=数值,选项=数值.../xx1,xx2,xx3...;。例如第5行，yy=5，xx=2说明要调用L502，并且令其选项5的值为2、选项32的值为1、选项38的值为5。再例如第3行，说明要调用L301、L302、L303，并且将选项6的值为3、选项11的值为 9...选项30的值为1这样的设定传递给它们，属于同一层且在同一行的Link会共享IOp设定。解析出的内容并不是把所有选项和赋值都列出来，选项的值如果是默认的就不会被列出，一般各个IOp默认的值都是0。例如第四行，说明以各个选项都用默认值的方式来调用L401。可 以用IOp关键字修改各层选项的值，格式为IOp(层/选项=值,层/选项=值...)，比如route section多填上IOp(3/40=2,3/11=1,4/9=2)，则第三行成了3/6=3,11=1,16=1,25=1,30=1,40=2 /1,2,3;，第四行成了4/9=2/1;。给某个Link传递它本身并没有的选项设定等于没有传递。例如freq任务被解析出的内容会有7/8=1,10=1,25=1/1,2,3,16;这样一行，而L701/702/703并没有选项8，所以虽然写了，但实际上等价于只给L716传递了选项8=1这个设定。同一层的不同Lin