传染性非典型肺炎可能病原新冠状病毒的系统发生学....pdfVIP

传染性非典型肺炎可能病原——新冠状病毒的系统发生学分析* 刘涛 李伍举 范明 军事医学科学院基础医学研究所，北京：100850 摘 要 2003 年3 月以来，一种新冠状病毒（SARS-CoV）被初步确定为2002 年底爆 发的致死性传染病——严重急性呼吸综合症（Severe Acute Respiratory Syndrome，即 SARS ）的病原。该病毒具有其他已知冠状病毒典型的基因组结构。对该病毒进行系 统发生学分析对进一步的实验研究具有指导意义。我们首先通过构建SARS-CoV 在全 基因组水平上的系统发生树来明确其演化位置，然后分别从核酸和蛋白两个水平分析 了SARS-CoV 的5 个主要同源蛋白——复制酶、S 蛋白、E 蛋白、M 蛋白和N 蛋白的 系统发生树。结果表明，SARS-CoV 与目前已知的冠状病毒同源，但具有与其它冠状 病毒明显不同的特点——各同源基因的演化历史彼此不同，其中结构蛋白基因的演化 历史与基因组的演化历史不同；SARS-CoV 与IBV 和TGV 尤其是IBV 的亲缘关系较 近，尤其是在E 蛋白和M 蛋白两水平上的特殊近缘关系在进一步的实验研究中值得 注意和参考。 关键词 冠状病毒，严重急性呼吸综合症，系统发生学，基因组，系统发生树 一种新的致死性传染病——严重急性呼吸综合症SARS （Severe Acute Respiratory Syndrome）自2002年末首发于中国广东省始，目前已波及中国多省和全世界几十个国 * 国家自然科学基金30270315）资助项目。 1 家。2003年3月研究人员初步确定该病的病原系一种全新的冠状病毒（SARS-CoV）。 1-3 目前关于该病毒的起源、动物宿主和毒性来源并不甚清楚 。 冠状病毒是一类被膜的正义链RNA病毒，常导致人类以及其他脊椎动物的呼吸道 和肠道疾病；冠状病毒分为三大类，第1和第2类特异感染哺乳动物，而第3组则特异 感染鸟类。根据宿主范围、抗原性和基因组结构，冠状病毒被进一步划分为不同的种。 冠状病毒具有较窄的宿主范围和严格的细胞嗜性。以往已知的人冠状病毒共两种， HCoV-229E 属于第1类，而HCoV-OC43属于第2类，它们与大约三成的轻微上呼吸道 疾病有关1 。 SARS-CoV具有其他已知冠状病毒典型的基因组结构：5’短的非翻译区，复制酶 蛋白区[rep]，钉蛋白[S]，包膜蛋白[E]，膜蛋白[M]，核壳蛋白[N]，短的非翻译区3’ 。 rep基因约占整个基因组的2/3 ，可编码随翻译而被裂解为特定多肽片段的蛋白。在rep 基因下游的4个基因编码病毒的结构蛋白S、E 、M和N 1 。 材料与方法 SARS 冠状病毒与其它冠状病毒的基因组序列：从GenBank 数据库中获取共 16 个基因 组序列，它们分别是：禽传染性支气管炎病毒 2 个（IBV 和IBV BCK ），牛冠状病毒 4 个（BCoV 、BCoV Q 、BCoV ENT 、BCoV LUN ），人冠状病毒1 个（HCoV 229E ）， 小鼠肝炎病毒4 个（MHV 、MHV2 、MHV Penn 97 1 和MHV ML10 ），猪流行性腹泻 病毒1 个（PEDV ），猪传染性胃肠炎病毒1 个（TGV ），SARS 冠状病毒3 个（SARS Urbani 、SARS CUHK W1 和SARS canada ），具体如表1 所示。 软件与系统发生树构建方法：主要运用ClustalX(V1.8)程序4 进行多序列比较和系统发 2 生树的构建分析（Bootstrap Neighbor Joining method ），系统发生树绘图由Tree-Explore 程序5 完成。分别从核酸和蛋白两个水平构建了复制酶、S 蛋白、E 蛋白、M 蛋白和 N 蛋白的系统发生树；另外，为了更好地利用基因组信息来考察SARS 病毒的系统发 生位置，构建了冠状病毒在全基因组水平上的系统发生树。 3 表1：SARS 冠状病毒与其它冠状病毒的基因组序列