蛋白质微秒级折叠过程的快速模拟.PDF

山东科学 第２８卷 第３期２０１５年６月出版 ＳＨＡＮＤＯＮＧＳＣＩＥＮＣＥ Ｖｏｌ．２８Ｎｏ．３Ｊｕｎ．２０１５ ＤＯＩ：１０．３９７６／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－４０２６．２０１５．０３．０１８ 蛋白质微秒级折叠过程的快速模拟  林云，张少龙 ，张庆刚，张怿慈 （山东师范大学物理与电子科学学院，山东济南２５００１４） 摘要：使用ｆｆ１２ＳＢ力场和广义玻恩（ＧＢＮｅｃｋ２）隐性水模型在 ＧＴＸ６７０ＧＰＵ上对４个蛋白质 ＣＬＮ０２５（２ＺＥＩ）、ＭＨＡ６ （２Ｉ９Ｍ）、ＴｒｐＣａｇｅ（１Ｌ２Ｙ）、Ｖｉｌｌｉｎ（３ＴＲＷ）的微秒级折叠过程进行了分子动力学模拟，２ＺＥＩ的折叠时间和均方根偏差为 ５．９４ ｓ和０．８９７?，２Ｉ９Ｍ的折叠时间和均方根偏差为０．１９１ ｓ和 １．１４２?，Ｖｉｌｌｉｎ的折叠时间和均方根偏差为４．２３ ｓ μ μ μ 和１．３７?，ＴｒｐＣａｇｅ的折叠时间和均方根偏差为２．４８ ｓ和０．６３?。结果表明，蛋白质折叠模拟已经能够通过ＧＰＵ计算 μ 在桌面计算机上实现。 关键词：蛋白质折叠；分子动力学；ＧＰＵ计算；ＧＢＮｅｃｋ２；ｆｆ１２ＳＢ力场 中图分类号：Ｏ６４１．１２　　　文献标识码：Ａ　　　文章编号：１００２４０２６（２０１５）０３００９６０８ Ｒａｐｉｄｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｏｆｐｒｏｔｅｉｎｍｉｃｒｏｓｅｃｏｎｄｌｅｖｅｌｆｏｌｄｉｎｇｐｒｏｃｅｓｓ  ＬＩＮＹｕｎ，ＺＨＡＮＧＳｈａｏｌｏｎｇ ，ＺＨＡＮＧＱｉｎｇｇａｎｇ，ＺＨＡＮＧＹｉｃｉ （ＳｃｈｏｏｌｏｆＰｈｙｓｉｃｓａｎｄＥｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ，ＳｈａｎｄｏｎｇＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｊｉｎａｎ２５００１４） Ａｂｓｔｒａｃｔ∶Ｗｅｐｅｒｆｏｒｍｅｄｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｙｎａｍｉｃｓｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｆｏｒｆｏｕｒｐｒｏｔｅｉｎｓ，ＣＬＮ０２５（２ＺＥＩ），ＭＨＡ６（２Ｉ９Ｍ），ＴｒｐＣａｇｅ （１Ｌ２Ｙ）ａｎｄＶｉｌｌｉｎ（３ＴＲＷ）ｏｎＧＥＸ６７０ＧＰＵｗｉｔｈＡＭＢＥＲｆｆ１２ＳＢｆｏｒｃｅｆｉｅｌｄａｎｄＧｅｎｅｒａｌｉｚｅｄＢｏｒｎ（ＧＢＮｅｃｋ２）ｉｍｐｌｉｃｉｔ ｓｏｌｖｅｎｔｍｏｄｅｌ．ＲｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｔｈａｔｆｏｌｄｉｎｇｔｉｍｅａｎｄＲＭＳＤｃｏｍｐａｒｅｄｔｏｉｔｓｃｒｙｓｔａｌｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｒｅ５．９４ ｓａｎｄ０．８９７?ｆｏｒ μ ｐｒｏｔｅｉｎ２ＺＥＩ，０．１９１ｓａｎｄ１．１４２?ｆｏｒｐｒｏｔｅｉｎ２１９Ｍ，４．２３ ｓａｎｄ１．３７?ｆｏｒｐｒｏｔｅｉｎＶｉｌｌｉｎ，ａｎｄ２．４９ ｓａｎｄ０．６３?ｐｒｏｔｅｉｎ μ μ μ ＴｒｐＣａｇｅ．Ｉｔｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｓｔｈａｔｍｉｃｒｏｓｅｃｏｎｄｌｅｖｅｌｐｒｏｔｅｉｎｆｏｌｄｉｎｇｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｃａｎｂｅｉｍｐｌｅｍｅｎｔｅｄｏｎａｄｅｓｋｔｏｐｗｏｒｋｓｔａｔｉｏｎ ｗｉｔｈＧＰＵｃｏｍｐｕｔｉｎｇ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ∶ｐｒｏｔｅｉｎｆｏｌｄｉｎｇ；ｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｙｎａｍｉｃｓ；ＧＰＵｃｏｍｐｕｔｉｎｇ；ＧＢＮｅｃｋ２；ｆｆ１２ＳＢｆｏｒｃｅｆｉｅｌｄ １　引言 蛋白质折叠是指随机卷曲的多肽链自组织成具有特定的三维结构和功能的蛋白质的物理过程。理论上 从给定的氨基酸序列预言蛋白质的分子结构（多肽