LD四川调查报告试验室部分.docVIP

四川省凉山州HIV分子流行病学调查结果 一、样本情况 于送检血浆样份，全部来自200年月日～月日间的HIV感染者，份样符合要求。 二、实验方法及结果 实验及分析方法 RNA提取及序列测定：使用Roche公司MagNA Pure LC system核酸自动提取仪提取本RNA。 PCR扩增：按照《全国HIV分子流行病学调查实验室操作手册》方案，通过逆转录/聚合酶链式反应扩增gag和env基因区部分片段，获得的片段测定序列，序列经清理以后进行进化分析。 HIV-1亚型确定：获得的gag和env基因区序列与HIV-1国际参考株比对后进行系统进化树分析，分别确定不同基因的亚型，对于发现的新重组模式的进行重组断点分析，结合2个片段的结果确定样本亚型。 实验结果 扩增情况 gag基因片段扩增阳性份，所占比例为%；env 基因片段扩增阳性份，所占比例为%。其中，测序后获得gag基因序列条，env基因序列条。 亚型结果 根据其env和gag基因片段，与HIV-1各个亚型国际参考株进行比对后构建系统进化树，结果见附图1和图2的亚型分析结果参见附表1。该省亚型种类参见附表2。在该省获得序列的份样本中，共存在种亚型传播的主要HIV流行毒株为CRF0_BC，流行毒株gag基因片段和env基因片段组内基因距离参见附表3。省获得序列的份样本参见附表参见附表 附图1：200年省HIV env基因系统进化树分析 附图2：200年省HIV gag基因系统进化树分析 附表1：200年省HIV分子流行病学调查亚型分析结果 附表2：200年省样本亚型分布情况 附表3：200年省主要流行毒株组内基因距离 附表2009年省附表2009年省  图12009年省HIV env基因系统进化树分析 2009年HIV gag基因系统进化树分析表1 2009年四川省HIV分子流行病学调查亚型分析结果表2 200年省样本亚型分布情况 HIV亚型 病例数 比例（%） CRF07_BC 92.3 CRF08_BC 5 1.3 BC 1 0.3 待定 23 6.1 合计 100.0 表3 200年省主要流行毒株组内基因距离 　 gag_0_BC env _ C 序列数 124 基因距离 0.007±0.001 complete 0.038±0.003 pairwise 0.083±0.005 complete 0.143±0.007 pairwise 表 2009年省 CRF07_BC CRF08_BC BC 待定 总计 布拖县 183 1 1 17 202 甘洛县 41 1 0 1 43 金阳县 27 0 0 0 27 凉山州 1 0 0 1 2 美姑县 14 0 0 1 15 越西县 19 0 0 2 21 昭觉县 33 0 0 1 34 西昌市 32 3 0 0 35 合计 350 5 1 23 379 表 2009年省 CRF07_BC CRF08_BC BC 待定 总计 不详 46 2 1 4 53 母婴传播 5 1 0 0 6 其他（性传播） 1 0 0 0 1 性接触 + 注射毒品 23 0 0 3 26 异性传播 45 1 0 4 50 注射毒品 200 1 0 11 212 没有记录 30 0 0 1 31 合计 350 5 1 23 379