雷公藤叶片cdna文库的构建与est分析-园林植物与观赏园艺专业论文.docx

1HYPERLINK\l_Toc1389813.2.1dscDNA的合成1PAGEREF_ToYPERLINK\l_Toc2853013.2.2cDNA的分级分离1PAGEREF_Toc28530125111HYPERLINK\l_Toc1819313.2.3文库质量评价1PAGEREF_ToYPERLINK\l_Toc1122713.3EST片段的生物信息学分析..1PAGEREF_Toc11227128111HYPERLINK\l_Toc709713.3.1EST序列的测序结果1PAGEREF_Toc7097128111HYPERLINK\l_Toc354713.3.2EST序列的统计分析1PAGEREF_Toc3547129111HYPERLINK\l_Toc2379513.3.3EST序列的生物信息学分析1PAGEREF_Toc23795131111HYPERLINK\l_Toc3254214结论与讨论1PAGEREF_Toc32542136111HYPERLINK\l_Toc1087014.1结论1PAGEREF_Toc10870136111HYPERLINK\l_Toc2926714.1.1RNA的提取1PAGEREF_Toc29267136111HYPERLINK\l_Toc3244714.1.2cDNA文库的构建1PAGEREF_Toc32447136111HYPERLINK\l_Toc1034114.1.3EST序列的统计分析...1PAGEREF_Toc10341136111HYPERLINK\l_Toc355514.1.4EST序列的生物信息学分析1PAGEREF_Toc3555137111HYPERLINK\l_Toc218114.2讨论1PAGEREF_Toc2181137111HYPERLINK\l_Toc2457414.2.1植物RNA提取策略1PAGEREF_Toc24574137111HYPERLINK\l_Toc2697714.2.2cDNA文库构建策略1PAGEREF_Toc26977138111HYPERLINK\l_Toc1126414.2.3EST测序分析1PAGEREF_Toc11264140111HYPERLINK\l_Toc238701参考文献1PAGEREF_Toc23870142111HYPERLINK\l_Toc240321本文缩略词(Abbreviation)1PAGEREF_Toc24032145111HYPERLINK\l_Toc245371附图1PAGEREF_Toc24537146111HYPERLINK\l_Toc193321读研期间发表论文1PAGEREF_ToYPERLINK\l_Toc317891致谢1PAGEREF_Toc31789147111摘要雷公藤，学名为TripterygiumwilfordiiHook.f.，自古以来在中西医上广为使用，植物分类学 上隶属于卫矛科雷公藤属，广泛应用于医药、临床、病虫害防治等方面。本研究通过对多种RNA提取方法的比较，得到了适合雷公藤叶片的总RNA提取方法，建立了雷公藤叶片的cDNA文 库并进行了EST初步分析。主要研究内容及成果如下：1、分别以雷公藤组培苗和3年生雷公藤实生苗为材料，对比了CTAB 法、CTAB-LiCl法、 CTAB-Trizol法、Trizol法、天根试剂盒及百泰克试剂盒6种RNA提取方法的提取效果。结果 显示：3年生实生苗相对于组培苗包含更多的内含物及信息量；且相对于其他方法，采用 CTAB-LiCl 法得到的RNA更为纯净，虽然含量稍低但可以通过对RNA的进一步浓缩提高其产量；同时，利用CTAB法得到的RNA经LiCl 二次沉淀纯化后可以得到无DNA污染的含量较 高的RNA，两种提取方法得到的RNA均符合文库构建要求，而CTAB-Trizol法、Trizol法、天 根试剂盒及百泰克试剂盒这些方法不适用于雷公藤叶片RNA的提取。2、使用上一步得到的完整性较好的高质量RNA进行雷公藤叶片cDNA文库的构建，通过 对合成dscDNA起始材料、LD-PCR最优循环数及cDNA与载体的连接比例的筛选，最终得到了质量符合要求的cDNA文库。试验确定合成dscDNA的起始材料为第一链原液2μL，16循环为LD-PCR的最优循环数，载体与cDNA的最佳连接比例为1﹕1.84。由此得到的文库的初始 滴度为1.12×107pfu·mL-1，重组率为94.7%，插入片段大小在0.3-1.5kb，扩增后的文库滴度为 1.86×108pfu·mL-1。3、经测序共得到214个有效序列，GC含量占总比例的47.1%，平均长度为465bp。