烟草基因组中NB类抗性基因的分析8.pptVIP

2 进化分析 进一步对RGA亚家族选择进化进行分析。RGA基因进化历程可能是处于一种中性随机突变状况（M1a和M7模型）或受到正向或负向（又称净化）的选择（M2a和M8模型）。根据Yang等（2005）方法(Yang et al., 2005)，我们可以估计烟草RGA基因亚家族成员的序列构成符合哪个进化模式。结果表明 在测验的8个RGA基因中，大多受到强烈的净化选择，同时部分基因在其个别位点上受到明显的正向选择。 烟草RGA基因亚家族进化选择测验（似然比）结果 考虑到测序等误差，所选用的每个RGA亚家族成员间序列差异度≥1% (Couch et al., 2006) 烟草基因组RGA基因的系统进化关系 通过PCR产物直接测序和克隆测序，共获得426条特异RGA基因序列，包括来自栽培烟草11个RGA家族的293条基因序列和19条野生烟草的基因序列。经注释，除了部分由于移码、终止子等导致的假基因，其中绝大多数序列可以获得完整的NBS蛋白质序列。为了确定这些基因序列的系统进化关系和亚家族归属，我们对获得的所有序列和已知烟草和其他主要类型抗性基因进行了系统进化分析。从系统进化树可以看出，我们鉴定的烟草RGA几乎覆盖了所以类型的已知抗性类型，包括TIR-NBS类和大量非TIR-NBS类基因。非TIR-NBS类基因中，烟草中一个烟草亚家族（I2，红色部分