春天来春意盎然PPT模板.pptx-Bioinformatic Analysis of F.pdf

Bioinformatic Analysis of F Protein in PPRV 报告人：第10组 乔洋洋 刘静宜 刘伟 李君君 OUTLINE：  Background Bioinformatic Analysis  Reference Background • 小反刍兽疫 （Peste des Petits Ruminants ，PPR ）是由PPRV引起 的小反刍兽一种严重传染病，特别 是山羊极度易感。该病在世界上被 认为是十分重要的烈性传染病之一， 在我国该病也被列为一类动物传染 病。 • PPRV属于副粘病毒科的麻疹病毒 属成员。其基因组结构为单股负链 RNA。目前，PPRV的许多毒株基因 组序列已经测序完毕，其RNA链的 3 ′至5 ′端依次分布着N-P-M-F- H-L,共六个基因，分别编码各自对 应的6种结构蛋白和2种非结构蛋白。 • F蛋白全称是融合性糖蛋白 （Fusion glycoprotein ） • F基因在麻疹病毒属中高度保守 • 其5 ′端的序列具有病毒特异性 • PPRV的各种毒株就是根据F基因序 列的遗传特性而分类的。 研究目的： 本研究利用生物信息学的方法，对 F蛋白质的基因及相应氨基酸序列 的理化性质、结构特征、及系统演 化关系等进行预测和分析，为深入 开展F蛋白表达调控的分子机制的 研究提供理论依据。 生物信息学分析 1. 在Uniprot中搜索，F蛋白的部分氨基 酸序列其长度为106 ： • ALSVITKNVRPIQTLTPGRRTRRFAGAVLAG VALGVATAAQITAGVALHQSLMNSQAIESL KTSLEKSNQAIEEIRLANKETILAVQGVQDYI NNELVPSVHRMSC 2.F蛋白部分编码区序列： • gigb|AF464892.1| Peste-des-petits-ruminants virus clone Mdn96 fusion protein (F) gene, partialcds ATGCTCTGTCAGTGATAACCAAGAATGTAAGACCAAT TCAAACTCTGACACCTGGGCGTGGAACTCGCCGTTTT GCTGGAGCTGTTCTGGCCGGAGTAGCACTTGGAGTT GCGACAGCCGCTCAGATAACTGCAGGAGTCGCCCTTC ATCAATCATTGATGAACTCCCAAGCAATTGAGAGTTT AAAAACCAGTCTTGAGAAGTCGAATCAGGCAATAGA AGAAATCAGACTTGCAAATAAGGAGACCATACTGGC AGTACAGGGCGTCCAGGATTATATCAACAATGAGCTT GTCCCTTCTGTTCACAGAATGTCATGCGA 3.ORF Finder (Open Reading Frame Finder) F3 4.用showorf软件分析F蛋白的mRNA 与在Uniprot中搜索F蛋白的部分氨基酸序列相同 • 用WebLab中SixPack程序分析F蛋白全长 mRNA序列读码框特征,发现只有以下序 列有意义 • _3_ORF1 Translation of in frame 3, ORF 1, threshold1, 106aa • ALSVITKNVRPIQTLTPGRRTRRFAGAVLAGV ALGVATAAQITAGVALHQSLMNSQAIESLKT SLEKSNQAIEEIRLANKETILAVQGVQDYINN ELVPSVHRMSCX ← 5.密码子使用特征 6.进化树的构建 •对PPRV毒株进行进化分析，从 NCBI核酸数据库中下载PPRV F 基因的序列，共下载16条序列， 并选取其中的大约为300bp大小 的片段用MEGA5.05软件构建进