《pymol使用教程》-精品培训讲义资料_推荐.pdfVIP

简介 安装 Pymol 是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由 Warren Lyford DeLano 编写，并且由 DeLano Scientific LLC 负责商业发行。 Pymol 被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软 件作者宣称， 在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中， 有四分之一是 使用 Pymol 来制作的。 Pymol 名字的来源：“ Py”表示该软件基于 python 这个计算机语言，“ Mol”则 是英文分子（ molucule ）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要， 本人正在学习该软件， 在这里把学习过程记录下来， 希望对有需 要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自 2006 年 8 月 1 日起，DeLanoScientific 对事先编译好的 PyMOL执行程序 （包 括 beta 版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码 目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1. 如果你是 Windows用户，首先下载 Pymol 的源代码。 然后安装 CygWin，并且确保正确安装以下模块： C++ (gcc or g++ package name) Python OpenGL PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2. 如果你是 Linux 用户，首先确保以下东东已安装： Python Pmw OpenGL driver （我用的是 NVdia） libpng Subversion client （下载源代码需要） 然后下载 Pymol 的源代码 $ mkdirpymol-src $ svn co /svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cdpymol-src 开始依次编译 # python setup.py install # python setup2.py install 拷贝执行脚本到某个 $PATH，安装就搞定了 # cp ./pymol /usr/bin 如果运行时得到错误信息 ImportError: No module named Pmw ，那么你 应该运行 # python setup2.py install pmw 如果你在使用 Gentoo，请确保编译 python 时添加了 tcl/tk 支持，否则 运行是会提示错误 ImportError: No module named _tkinter # USE=tcltk emerge python 好了，下面我们就可以进入 Pymol 的世界了。 基本的鼠标操作 里主要介绍一下 Pymol 的基本操作， 包括窗口菜单、 加载文件、 图像的基本鼠标 操作等等。 当你打开 Pymol 后，你将会看到如下图所示的界面： 该界面分为 2 窗口，上面的外部 GUI 窗口（ External GUI ）和下面的 Viewer Window。Viewer Window又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（ Viewer ）， 右边则是一个内部