第七章 高通量基因组测序技术介绍11-25教学讲义.ppt

高通量测序应用与进展;纲要;高通量测序简介;高通量测序流程;高通量测序技术的起源与发展;高通量测序技术的传承关系图;现有主要高通量测序仪开发商;454 高通量测序法;454 测序流程; 扩增反应完成后，每个磁珠上的DNA片段拥有了成千上万个相同的拷贝。经过富集以后，这些片段仍然和磁珠结合在一起，随后就可以放入到PicoTiterPlate板（一种光纤载板）的样品孔内供后继测序使用了。; 每当一个核苷酸连接到新链上时，就会释放一分子的焦磷酸盐（PPi），而后PPi与相应底物反应形成1分子ATP，ATP再驱动荧光素酶转变为氧化荧光素酶，而氧化荧光素酶可以发出可见光，可被检测仪器捕获，形成峰图。该技术的序列阅读长度介于100到150个核苷酸之间。;454测序-结果;454 的特点与主要应用;454 高通量测序法优势;Illumina Solexa简介;Illumina Solexa 测序流程;4. Fragments Become Double Stranded;First chemistry cycle: to initiate the first sequencing cycle, add all four labeled reversible terminators, primers and DNA polymerase enzyme to the flow cell.;Illumina Solexa 测序流程;Illumina Solexa 桥式PCR;Illumina Solexa Base Calling;Solexa 的特点与主要应用; Solexa 的这种方法，可在一个反应中同时加入4 种核 苷的标签，采用边合成边测序（ SBS － sequencing by synthesis ），可减少因二级结构造成的一段区域的缺失。并具有所需样品量少，高通量，高精确性，拥有简单易操作的自动化平台和功能强大等特点，此反应可以同时检测上亿个核苷酸片断 , 因此在同一个芯片或几个芯片上花费很少（只需常规方法的 1 ％）的成本就可测试全基因组。;ABI SOLiD 简介;ABI SOLiD测序前期制备;ABI SOLiD测序原理;ABI SOLiD荧光结合和结果示例;SOLiD 的特点与主要应用;三种平台的技术差异;三种平台的效能参数差异;高通量测序应用范围;基因组测序;基因组测序策略;Paired-end 原理;Paired-end 基因组重排分析;基因组测序的生物信息学分析;基因组重测序案例分析;;基因组重排和CNV分析;从头基因组测序案例;多种拼接软件拼接结果比较;多种拼接软件拼接结果比较;宏基因组测序;全基因组的宏基因组测序;宏基因组测序信息分析主要内容;16S/18S rRNA宏基因组测序;16S/18S rRNA测序信息分析内容;???类外显子组捕获测序;人类外显子组捕获测序原理;人类外显子组捕获测序分析流程;检测序列变异分析示例;人类外显子组捕获测序案例;七个新发现的非同义高频突变位点;单个基因中突变位点分析;转录组测序简介;转录组测序测序流程;转录组测序测序流程;转录组主要分析内容;有参考序列转录组测序案例;基因融合分析;无参考序列转录组测序案例;De novo 序列拼接、组装和比对流程;比较基因组分析;电子表达谱测序;电子表达谱测序流程图;电子表达谱分析内容;电子表达谱测序案例分析;两种方法所检测到的基因数比较;小RNA测序;小RNA测序流程图;小RNA测序分析内容;小RNA测序案例分析;果蝇三种组织中MiRNA表达情况;MiRNA表达模式分析;新miRNA预测;miRNA编辑情况分析与统计;ChIP-Seq;ChIP-Seq测序流程;ChIP-Seq分析内容;ChIP-Seq分析流程;ChIP-Seq 分析结果示例;ChIP-Seq分析结果示例;DNA甲基化测序;MeDIP 原理;MeDIP-Seq分析内容;Bisulfite Sequencing原理;Bisulfite Sequencing分析内容;常用生物信息学分析平台与资源;常用基因组拼接软件;基因组比对软件;SNP 分析软件;谢谢大家！