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西南大学 “211工程”建设三期中期主要建设成果 1．昆虫基因组学与现代蚕丝学 （1）完成家蚕基因组精细图 通过国际合作的方式，对国际组织的所有家蚕序列和图谱信息进行统一拼接、组装和注释，于2008年绘制完成9倍覆盖度的基因组精细图谱，基因覆盖度达99.6%。通过精细分析获得14623个家蚕基因，发现了一批新的与家蚕特异生物学性状相关的重要信息。同时还完成了精细图谱与分子连锁图谱的整合，目前已将76.7%的基因组片段和82.2%的基因定位到家蚕染色体上。该成果受到了国际昆虫学界的高度评价，国际昆虫学著名杂志Insect Biochemistry and Molecular Biology为此专门出版了《家蚕基因组特别刊》，报道了15篇研究论文。本团队作为第一作者报道了精细图谱主体论文并以客座编辑身份负责了专刊的组织和编辑工作。 同时，在实验室于2003年家蚕全基因组测序完成后自主开发并构建了世界第一个家蚕遗传数据库SilkDB（/silkdb/），集中了所有家蚕基因表达、转座子、突变信息、SNPs 及基因注释信息的基础上，再经不断完善，又增加了家蚕全基因组芯片表达谱数据、蛋白质数据、精细图谱数据及部分野蚕序列数据等，包括了世界所有家蚕基因组数据和相关昆虫基因组数据。迄今国内外访问量已达35万次，登录访问量和同行评价证明，该数据库已成为国际蚕学和昆虫学领域著名的权威数据平台。 （2）完成蚕类基因组重测序与遗传变异图 家蚕自野蚕进化至今虽已分化为许多种类，但其在基因水平上的差异极小，这一被称为“单核苷酸多态性”的DNA链上单一碱基对的变化，很大程度上决定了蚕类的诸多重要经济性状和生物学性状。为了发现蚕类之间的重要差异、起源进化关系并克隆重要功能基因，实验室与深圳华大基因研究院合作，采用高通量、高精度和低成本的新一代测序技术，于2008年11月完成了40种不同家蚕品系和来自不同地理区域的野蚕的全基因组重测序，绘制出蚕类基因组变异图谱。累计完成测序632.5亿个碱基，测序深度达到118层，覆盖了整个基因组99.8%的区域。通过分析，共鉴定出18,084,663个SNPs位点，并首次从分子水平上量化了两个群体之间的差异，在全基因组水平上分析了家蚕的起源进化关系，强烈的证据表明家蚕起源于中国野蚕。利用测序数据，还修补了精细图谱中的gap（“缺口”），进一步提高了基因组序列的精细度。 蚕类SNP（单核苷酸多态性）图谱是迄今为止最为详尽、最具应用价值的昆虫基因组遗传多态性图谱，该图谱的成功绘制不但有助于从全基因组范围研究家蚕的人工选择过程，阐明蚕类之间的差异和亲缘关系，尤其重要的是，大量SNPs的鉴定可以使我们更加方便和准确地对家蚕重要经济性状相关基因进行大规模克隆和功能研究，为家蚕的分子改良和素材创新打下坚实基础。该成果发表2009年8月发表于《Science》，受到国际同行的高度认可。 （3）家蚕重要病原物微孢子虫基因组精细图与检测技术研究 家蚕微粒子病是蚕业生产上的一种毁灭性病害（家蚕微孢子虫是其病原微生物），是世界上养蚕国家惟一法定检疫对象，该病每年给我国蚕丝业带来的经济损失达上千万元。为了解决这一严重病害，本中心结合全基因组鸟枪法（WGS）及分染色体构建文库，于2008年绘制完成家蚕微孢子虫全基因组精细图谱，注释获得7000个基因，对家蚕微孢子虫基因组的基本特征及其侵染、增殖、传播的生物学过程和发生的分子机制有了全景式的认识。获得了极管蛋白、能量转运蛋白等对微孢子虫防治具有重要意义的靶标基因。该成果不仅有望从根本上解决微孢子虫对蚕业生产的致命危害，同时对研究真核生物的基因组进化也具有重要的科学价值。 特别重要的是，基于微孢子虫基因组和孢壁蛋白基因功能研究，完成了以孢壁蛋白为检测对象的家蚕微孢子虫快速诊断试剂盒的研制。目前，有关微孢子虫的检测方法虽多种多样，但由于存在各种缺点，生产上仍然沿用150年前巴斯德创立的母蛾显微镜检法，每年耗费大量的人力、物力。为了建立一种可快速、简便、高效并能在生产中大面积推广的微孢子虫检测方法，并综合考虑成本、灵敏度和特异性等关键指标，本中心以胶体金免疫层析技术为基础，建立了单克隆抗体制备及胶体金免疫层析技术体系，初步组装的试纸条已完成标准抗原的测定。该试纸采用胶体金标记单克隆抗体（G9株），其腹水抗体效价（间接ELISA测定）达到1：1.28×106。经一系列实验组装的试纸条在检测线（T线）上喷多抗，对照线（C线）上喷兔抗鼠二抗，胶体金标单抗G9。该试纸条目前可检测标准的孢子发芽液抗原（图1）。为了克服家蚕微孢子虫个体过大，不能在硝酸纤维膜上流动的缺点，我们还建立了点膜加样法，同样采用胶体金标记G9单抗，将检样用强碱处理后，取0.5uL检样点于硝酸纤