基因引物设计 教学文稿.pptVIP

* 常用实验技术简介 黄雪娜 2011-8-4 目 录 全长cDNA克隆 引物设计 染色体步移技术 全长cDNA克隆 是许多后续更深入实验的基础； 真核生物mRNA的特征及转录过程的了解； 全长cDNA克隆方法：灵活掌握； 同源克隆技术 RACE-PCR技术 基因克隆前的准备工作 看有没有被别人克隆出来； 查看文献了解基因的功能及表达特征； 了解该基因可能涉及的工作（如激酶活性的测定及DNA-蛋白相互作用等），制定计划； 了解相近物种该基因的信息，以利于扩增过程中预测PCR的延伸时间； 同源片段的克隆 本实验室的EST数据库； NCBI数据库； RT-PCR用兼并引物扩增同源片段； 设计兼并引物是重点！！！！！ 5’RACE 原理： 注意事项： RNA的完整性； 高效的逆转录酶； 多次5’RACE相结合； 应用丰度高的组织做模板； 长片段扩增应用LA-Taq酶； 同源克隆方法； 用随机引物或者OligoT引导逆转录； 序列分析 引物设计：Primer 5.0； 一般的序列处理：DNAStar中的Editseq； 序列拼接： DNAStar中的Seqman、BL2； 序列在线比对：NCBI-BLAST ( / )； 序列多重比对：Bioedit、ClustalW2 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/