第五章 蛋白质地三维结构.pptVIP

第5章 蛋白质的三维结构 一、研究蛋白质构象的方法 (二)研究溶液中蛋白质构象的光谱学方法 1.紫外差光谱 芳香族氨基酸在极性环境下吸收峰向短波长移动，称作篮移，反之会红移。 2.荧光和荧光偏振 变性和非变性蛋白质荧光峰和荧光偏振的位置会有特定的变化。 4.核磁共振(NMR) 二、稳定蛋白质三维结构的作用力 三、多肽主链折叠的空间限制 (二)可允许的φ和ψ值：拉氏构象图 (三)β转角和β凸起 (二) 丝心蛋白和其他β-角蛋白：β折叠片蛋白质 胶原蛋白的共价键 (四) 弹性蛋白 1.弹性蛋白最重要的特性是富有弹性。 2.弹性蛋白不含羟赖氨酸，不被糖基化，不能形成胶原蛋白那样的超螺旋。 3.弹性蛋白的一种交联方式是通过羟赖氨酸正亮氨酸衍生物交联。 4.弹性蛋白的另一种交联方式是赖氨酸的侧链氧化脱氨基生成醛基，三个醛基和一个未修饰的赖氨酸的侧链形成锁链素和异锁链素，使多条弹性蛋白链交联成肽链网。 5.弹性蛋白的肽链形成多种多样的无规卷曲，有张力时，卷曲被拉伸，张力去除后又复原。 六、超二级结构和结构域 (一) 超二级结构 (二) 脂锚定膜蛋白 九、蛋白质折叠和结构预测 1.二级结构的预测 参照表5-6,按Pi=Ai(被计算的氨基酸残基处于某一二级结构的份数）/Ti (肽链中的各种氨基酸残基处于某一二级结构的份数）的计算值预测, Pi大于1表示该氨基酸残基倾向于形成所预测的二级结构，Pi小于1表示该氨基酸残基倾向于形成其他构象。 2.三级结构的预测和计算机模拟 原理复杂，已由一些成功的例证。 十、亚基缔合和四级结构 (一) 有关四级结构的一些概念 亚基(单体)，同多聚，杂多聚 (二) 四级缔合的驱动力 主要有范氏作用力，氢键，离子键和疏水作用力，其中疏水作用力最为重要，二硫键对于稳定四级结构有重要意义。 (三) 亚基相互作用的方式 亚基之间的分布有各种各样的对称关系。 (五) 四级缔合在结构和功能上的优越性 1.增强结构稳定性; 2.提高遗传的经济性和效率; 3.构成功能部位; 4.为别构效应提供结构基础. 2.具有7个跨膜肽段的膜蛋白 3. β桶型膜蛋白-膜孔蛋白 疱症性口炎糖蛋白 甲状腺球蛋白 乙酰胆碱酯酶 糖脂A * (一) 蛋白质的变性 1.变性蛋白质的特点: 空间结构破坏，一级结构完好；活性丧失；溶解度降低；易分解。 2.引起变性的因素: 加热、辐射、高压等物理因素；有机溶剂、酸、碱、尿素等化学因素。 3.变性的协同性: 变性发生在较窄的范围内。 4.复性: 一定条件下可以恢复活性。 7?5?3?1种可能连接方式中的1种 (二) 氨基酸序列规定蛋白质的三维结构 (三) 蛋白质折叠的热力学 (四) 蛋白质折叠的动力学 1.折叠不是随机搜索的过程。 2.折叠时先形成局部二级结构，再形成结构域,熔球态，最后形成完整的三级结构。 3.折叠时二硫键异构酶和肽基脯氨酸异构酶起重要作用。 4.分子伴侣在折叠时有重要作用，主要是防止肽链的错误折叠.。 (五) 蛋白质结构的预测 (三) 胶原蛋白： 胶原蛋白的二级结构是由三条肽链组成的三股螺旋，这是一种右手超螺旋结构。螺距为8.6nm，每圈每股包含30个残基。其中每一股螺旋又是一种特殊的左手螺旋，螺距为0.95nm，每一螺圈含3.3个残基,每一残基沿轴向的距离为0.29nm。一级结构分析表明，?肽链的96%都是按三联体的重复顺序：(g1y-x-y)n排列而成。Gly数目占残基总数的三分之一，x常为Pro，y常为Hpro(羟脯氨酸)和Hlys（羟赖氨酸）。 原胶原蛋白分子在胶原纤维中都是有规则地按四分之一错位，首尾相接，并行排列组成纤维束。这样通过1／4错位排列便形成间隔一定的（大约70nm)电子密度区域，而呈现横纹区带。 胶原蛋白属于结构蛋白质，使骨、腱、软骨和皮肤具有机械强度。胶原蛋白至少包括四种类型，称胶原蛋白I、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ。腱的胶原纤维具有很高的抗张强度(tensile strength)，约为20-30kg／mm2，相当于12号冷拉钢丝的拉力。骨铬中的胶原纤维周围排列着羟基磷灰石(hydroxyapatite，Ca10(PO4)6(OH)2）结晶。脊椎动物的皮肤含有编织比较疏松，向各个方向伸展的胶原纤维。血管亦含有胶原纤维。 基底膜蛋白聚糖 层黏连蛋白 巢蛋白 吡啶啉是由一个原胶原的N末端区和另一个相邻的原胶原的C末端区之间形成。 随着年龄的增长，胶原蛋白之间的交联键会增多。 （五） 肌球蛋