NAMD入门教程(二)kan.docVIP

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2018-05-26 发布于四川
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3. 分析方法在实际工作中，分子动力学模拟体系的设计和模拟计算的进行可能并不困难。关键之处在于如何分析动力学模拟得出的结果，说明一定的问题。因此我们专门设置一章讲解动力学模拟的分析方法。本章中我们将讲解四个例子：残基RMSD值，平均能量，mb分布和温度分布。每一个例子都很典型，代表了一定的分析思想。但是由于某些例子需要较长的计算时间，读者没有必要自己进行动力学模拟。在NAMD教程文件中已经给出了动力学模拟得到的结果。 3.1 每个氨基酸残基的RMSD值上一章中，我们已经计算了整个蛋白质的RMSD值变化。我们初步提到了，RMSD值反映的是偏离平均位置的程度，是原子运动幅度的大小