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SSR（simple sequence repeats） 微卫星原理 微卫星DNA是一种广泛分布于真核生物基因组中的串状简单重复序列，每个重复单元的长度在1—10bp之间。常见的微卫星如TGTG……TG= (TG)n或AATAAT……AAT= (AAT)n等。 不同数目的核心序列呈串联重复排列，而呈现出长度多态性。在基因组中，因每个SSR序列的基本单元重复次数在不同基因型间差异很大，从而形成其座位的多态性。 每个SSR座位两侧一般是相对保守的单拷贝序列，据此可设计引物，其关键是首先要了解SSR座位的侧翼序列，寻找其中的特异保守区。 技术路线：建立DNA文库，筛选鉴定微卫星DNA克隆，测定这些克隆的侧翼序列，设计特异性引物来扩增SSR序列。后经聚丙烯酰胺凝胶电泳、染色，通过比较谱带的相对迁移距离，便可知不同个体在某个SSR座位上的多态性。 微卫星的优点： 微卫星DNA数量多且均匀分布在基因组中。据估计，在基因组中平均30—50kb就存在一个微卫星，为在整个基因组中定位更多的基因提供了极大的方便 微卫星DNA具有丰富的多态性，并且微卫星位点检测可以显示纯合子和杂合子。 微卫星检测容易、重复性较好、省时，适合于进行自动化分析。 ISSR（Inter-simple sequence repeat） 简单重复序列间隔序列原理 1994 年Zietkiewicz 等对SSR 技术进行了发展，