布尔网络在细胞周期中的调控作用.pdfVIP

布尔网络在细胞周期中的调控作用 摘要 癌症是现今社会研究的热点问题，在癌症的研究过程中细胞周期检验点又是 必不可少的，因为如果细胞周期调控被破坏，即细胞凋亡也发生变，那么细胞就 会无限制的增殖，从而细胞发生癌变。所以，细胞周期检验点的研究非常重要。 本文就是研究如何判断细胞周期是否进入了下个状态。文章中先介绍了一个经典 的布尔网络调控模型，Irons模型，基于已有研究，文章提出了一个新的算法来 判断细胞周期状态。 关键字：细胞周期 检验点 癌症 布尔网络模型 引言 在真核细胞周期中，一个独立的细胞分裂成两个子细胞时涉及到四个过程： G1 S(Synthesis) DNA G2 期，细胞生长过程； 期， 复制； 期，细胞继续生长，为 分裂做准备；M(Mitosis)期，细胞分裂成两个独立的子细胞。在整个细胞周期中 存在着一些检验点，它们检验着细胞的大小，形状，以及DNA 的损伤程度，这 样才能保证细胞周期的完整性。 基于酵母菌大量的数据和信息，许多的数学模型被提出用来分析细胞周期中 的基因调控网络，最常见的有ODE 模型，和布尔网络模型。Chen et al 关于ODE 提出来一些观点,ODE 模型建立在大量的数据和不同的类型，然而，复杂的ODE G1 S M 模型只能专注于细胞周期中特殊的部分，如从 到 期转录，或是 期结束 时。 尽管复杂的细胞相互作用已经被详细阐述，但是ODE模型仍然很难去分析，尤其 是大规模的基因网络。相反，布尔网络则能简单而有效的描述大规模基因调控网 络中的基本生物过程间的相互联系。Li et al. 提出了一个布尔网络模型，其中包 11 S.cerevisiae. 括 个基因，这些基因的重要性在于确保 细胞周期的稳定性。但是， 这个模型中只有一个独立的激活点，而且也没有明确的表现出出口，同时模型与 大量的突变形状也不一致。接着Willadsen andWiles [7]研究的布尔网络模型中 的，该模型后来被Trepodeet al. [8]做了进一步的研究，他通过马尔可夫模型来介 绍基因激活的随机性。这个模型主要研究基因激活的概率。Lee andHuang [9]对这个模型做了补充，他认为基因表达水平是被同一个决定函数给 6 定的， 【】，但是是通过一些联合概率随机的跳出来。 最近，Irons提出来了更加确切的布尔网络模型，该模型通过增加辅助节点来 控制基因表达水平的激活或者是推迟降低。Irons 的模型只有一个周期激活点而 且与大范围突变保持一致。 Irons模型布尔网络 … BN n V {v v , v } 一个布尔网络 （ ）是一个具有 个结点 1, 2 n-1 的系统，其中每个 结点都有一个布尔值，vi{0,1} （0 和 1分别代表激活结点和抑制结点）。结点 v t+1 v(t+1) t i在 时刻的表达水平 i 是由与该结点相关的结点集在 时刻的表达量所决 (t) (t+1) （t） 定的，在这里Ni  V 。所以，vi f (v ),函数f 最终得到的是布尔值0和1。i i Ni N N (t) 为了表示简单，接下来的文字中我都用 来代替i i 。这样可以同步或者异步 来更新每个结点的表达水平。如果同步更新的话，那么所有结点在每 个时间段t