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预定目录 1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟的基本原理 1.3 分子动力学模拟相关软件 2. 分子动力学入门 2.1 基本设置 2.2 生成蛋白质结构文件（PSF） 2.3 蛋白质的溶质化 2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析 3. 分析方法 3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的 RMSD 值 3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwell-Boltzmann ）能量分布 3.1.3 能量分析 3.1.4 温度分布 3.1.5 比热分析 3.2 非平衡态分子动力学模拟分析 3.2.1 热扩散 3.2.2 温度回音 4 人工操纵的分子动力学模拟（SMD） 4.1 除去水分子 4.2 恒速拉伸 4.3 恒