第三章genbank数据库检索及其应用.pptVIP

如何检索基因或基因编码产物的功能： 第95页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： 第96页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： “ras”[GENE] 基因名称 第97页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： 第98页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： 基因名称 序列接受号 第99页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： NM_001126 序列接受号 第100页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： 第101页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： 第102页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： 第103页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： 第104页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： 基因名称 序列接受号 序列 第105页/共114页 BLAST 第106页/共114页 BLAST 第107页/共114页 BLAST blastn (nucleotide blast)是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 blastp (protein blast)是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 blastx是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 tblastn是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与blastx相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 tblastx是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 第108页/共114页 BLAST 第109页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： 第110页/共114页 如何检索基因或基因编码产物的功能： 第111页/共114页 BLAST 第112页/共114页 BLAST 第113页/共114页 谢 谢！ 第114页/共114页 GenBank数据库限制检索功能 基因定位 第63页/共114页 GenBank数据库限制检索功能 基因定位 第64页/共114页 GenBank数据库限制检索功能 排除某种类型的序列 第65页/共114页 简介 GenBank数据库 检索界面 基本检索功能 限制检索功能 高级检索功能 第66页/共114页 GenBank数据库高级检索功能 第67页/共114页 GenBank数据库高级检索功能 hepatitis b 第68页/共114页 GenBank数据库高级检索功能 乙型肝炎索引 第69页/共114页 GenBank数据库高级检索功能 第70页/共114页 GenBank数据库高级检索功能 第71页/共114页 GenBank数据库高级检索功能 序列特性关键词索引 第72页/共114页 GenBank数据库高级检索功能 第73页/共114页 GenBank数据库高级检索功能 第74页/共114页 GenBank数据库高级检索功能 第75页/共114页 GenBank数据库高级检索功能 第76页/共114页 GenBank数据库高级检索功能 (“sts”[Feature key]) AND “ras”[gene]) 第77页/共114页 简介 GenBank数据库 检索界面 基本检索功能 限制检索功能 高级检索功能 检索结果的显示 第78页/共114页 GenBank数据库检索结果的显示 第79页/共114页 GenBank数据库检索结果的显示 第80页/共114页 GenBank数据库检索结果的显示 第81页/共114页 GenBank数据库检索结果的显示 序列特性表 第82页/共114页 GenBank记录中特性表中的主要关键词: 关键词 解 释 关键词 解 释 misc_feature 生物学特性无法用特性表关键词描述的序列 promoter 转录起始区 misc_difference 序列特性无法用特性表关键词描述的序列 CAAT_signal 真核启动子上游的CAAT盒,与RNA结合相关 conflict 同一序列在不同的研究中在位点或区域上有差异 TATA_signal 真核启动子的TATA盒 unsure 序列不能确定的区域 -35_signal 原核启动子中的-35框 old_sequence 该序列对以前的版本做过修订 -10_signal 原核启动子的Pribow盒 variation 包含稳定突变的序列 GC_sign