九蛋白质组学修.pptxVIP

第一节 概述 蛋白质组的概念及发展简史;基因与其编码产物蛋白的非线性关系 　;基因组计划的局限 无法解决“基因精细调控”问题 　　 大规模基因表达检测技术如：微阵列法、DNA芯片及SAGE等，主要从mRNA水平来考虑。 　 而“mRNA”水平只反映了转录水平调控，并不能全面代表蛋白质表达水平。蛋白质复杂的翻译后修饰、蛋白质的亚细胞定位或迁移、蛋白质和蛋白质相互作用等则几乎无法从mRNA水平来判断。实际上无法反映蛋白质的质与量。 ;Protein production pathway;2018/5/17;后基因组时代 　功能基因组学成为研究重心 　蛋白质组学是其“中流砥柱”，成为战略制高点 ; ;2018/5/17;2018/5/17;　　　以往人类对于蛋白质的研究只是针对生命活动中某一种或某几种蛋白质，难以形成一种整体观，难以系统透彻地阐释生命活动的基本机制。;2018/5/17;2018/5/17;2018/5/17;2018/5/17;;2018/5/17;2018/5/17;;;2018/5/17;2.6 蛋白质分布 ;2018/5/17;蛋白质组学的难点 ; 第三节 蛋白质组研究方法;2018/5/17;2018/5/17; 双向电泳 原理 在双向电泳中，第一向通常根据蛋白质等电点的不同进行等电聚焦电泳（IEF），然后再根据分子量的不同进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS）作为第二向。双向电泳技术是蛋白质组学研究中蛋白质多肽链分离纯化和鉴定的主要实验技术之一。 ;常用双向电泳设备; 样品制备（Sample preparation） 固相预制胶条的水化（IPG strip rehydration） 第一向等电聚焦（IEF） 胶条的平衡（IPG strip equilibration） 第二向SDS电泳（SDS） 凝胶的染色及检测（Detection/Staining） PDQuest等软件分析（Software analysis） ;等电聚焦电泳（isoelectric focusing, IEF）;;IEF Theory;;The Rotofor System;双向电泳第二向(SDS);;一、样品制备;样品制备基本原则;样品制备（一）;双向电泳样品的溶解;增加样品溶解性的手段;两性载体电解质： 即便在离液剂和去垢剂存在的情况下，某些蛋白质也需要在盐离子的作用下才能保持其处于溶解状态，否则这些蛋白质在其处于PI点时会发生沉淀 两性载体电解质的作用在于补充样品中少量的盐分，从而保证蛋白质的溶解性。应用时，两性电解质的浓度应小于0.2％（w/v)。浓度过高会使IEF的升压困难、速度降低。;样品中核酸的去除; 二、适用于质谱的染色方法;考马斯亮蓝染色;银染;荧光染料;负 染;;综合的数据管理;激光捕获显微切割技术 ;Isolation of Subcellular Fractions;激光捕获显微切割仪;LCM优点与不足;不足;;;3.2.2图谱分析技术（Image analysis） ;图谱处理分析典型流程;　蛋白质组研究的技术路线流程图;3.2.2生物质谱技术 ;2018/5/17;基质辅助激光解析电离飞行时间质谱仪;（2）电喷雾电离串联质谱 ;ESI过程图解 ;2018/5/17;2018/5/17;（3）与质谱（mass spectrometry）相关的技术;肽质量指纹图谱法（peptide mass fingerprint，PMF）;氨基酸组分分析系统;2018/5/17;2018/5/17;2018/5/17;蛋白质相互作用研究策略和方法;2018/5/17;总之：;蛋白质组学的应用与发展趋势;蛋白质组学的应用;在原核及简单真核生物的蛋白质组研究方面 ;在多细胞真核生物的蛋白质组研究方面 ;蛋白质组学研究现状和发展趋势;6.2.1蛋白质组学研究现状;国内研究现状： 国家自然科学基金委于1997年设立了重大项目“蛋白质组学技术体系的建立” 中国科学院生物化学研究所、军事医学科学院与湖南师范大学已启动蛋白质组研究 中国科学院上海生命科学研究院、军事医学科学院与复旦大学相继成立了专门的蛋白质组学研究中心;国内研究现状： 在“重大疾病的功能蛋白质组学”方面取得了良好的起步 已进行肝癌细胞系及正常肝细胞蛋白质组的比较分析研究，发现了两者间不同的蛋白表达群 进行了我国自行建立的肝癌高/低转移细胞系、肺癌高/低转移细胞系、原位食管癌/转移食管癌间的比较蛋白质组研究，初步发现一批与肿瘤转移相关的蛋白质群 对心肌细胞与应激损伤的心肌细胞的比较蛋白质组研究也有了一定的基础　;我国“蛋白质组研究计划”应关注的重点基础科学问题 ;四是生物信息学等系统生