分子力学及分子动力学.ppt

分子力学和分子动力学Molecular Mechanics and Molecular Dynamics 甄云梅内容 简介 力场 1.分子力场的势函数形式 2.分子力场分类 3.力场的参数化 能量最小化 热力学性质 分子力学----简介 分子力学，又叫力场方法（ force field method），是基于经典牛顿力学方程的一种计算分子的平衡结构和能量的方法。与量子力学不同，它求解的是Newton方程，而不是薛定谔方程。 基本假设： 1、 The Born-Oppenheimer Approximation对势能面的经验性拟合。 量子力学中的薛定谔方程为:(非相对论和无时间依赖的情况下） 基于Born-Oppenheimer近似，其物理模型可描述为：原子核的质量是电子质量的103~105倍，电子速度远远大于原子核的运动速度，每当核的分布形式发生微小变更，电子立刻调整其运动状态以适应新的核场。 这意味着，在任一确定的核分布形式下，电子都有相应的运动状态；同时核间的相对运动可视为所有电子运动的平均结果。所以电子的波函数只依赖于原子核的位置，而不是他们的动能。于是这个近似认为，电子的运动与原子核的运动可以分开处理，可以将上式分解为 方程①中的能量Ee(势能面)仅仅是原子核坐标有关。相应的，方程②所表示的为在核势能面E(R)上的核运动方程。 直接求解方程①，采用的是从头算或者是半经验，这样的量化计算都是把电子的波函数和能量处理成原子核坐标的函数。由于量子化学求解电子波函数和势能面耗时巨大，常常将势能面进行经验性的拟合，成为力场，由此构成分子力学的基础。 将方程②用牛顿运动方程代替，势能面采用力场拟合，就构成了分子动力学的基础。 2、简单作用模型 对体系相互作用的贡献来自诸如键伸缩、键角的开合、单键的旋转等等。即使使用类似Hooke定律这样的简单函数，也能令力场运转良好。 3、力场的可移植性（关键属性） 仅在少数情况下通过测试的一套函数，可以用来解决更广范围内的问题。进一步讲，从小分子得来的数据可以用来研究类似高分子的大分子。 简单分子力场 分子力场是分子力学的核心。分子力学的基本理论就是一个分子力场由分子内相互作用和分子间相互作用两大部分构成，即力场的势能包括成键和非键相互作用，所有的势能的总和即为分子的构象能。 由于分子力学是经验的计算方法，不同的分子力学方法会采用不同的势能函数（Potential Energy Function，PEF）表达式，而且力场参数值也会不同。一般将分子的PEF分解成五部分： General Features 键伸缩能 Bond Stretching——谐振子函数 键角弯折能 Angle Bending——谐振子模型 二面角扭转能 Torsion Rotation 由于二面角的扭转对总能量的贡献小于键长和键角的贡献，一般情况下二面角的改变要比键长和键角的变化自由得多。因此在一些处理大分子的力场中常保持键长、键角不变，只考虑二面角及其他的作用而优化整个分子的构象和能量。 范德华相互作用能——Lennard-Jones势函数 静电相互作用 Electrostatic Contributions 点电荷法：通过经验规则或者量化计算确定每个原子上的部分电荷（partial charge），两个原子之间的静电作用用库仑公式来计算。 偶极矩法：根据某些规则计算出每个化学键的偶极矩，通过计算偶极-偶极相互作用来描述静电相互作用。 两种方法在处理有机小分子体系的时候效率相似，但是当用来处理带电生物大分子体系时，偶极矩方法显得过于耗时。 MM2, MM3和MMX用键偶极矩法计算静电相互作用 其它力场采用点电荷方法计算 点电荷方法的问题在于如何把电荷分配到原子上 量子化学计算法 电荷可以由多极矩、热力学性质、静电势拟合得来 经验规则法 交叉相互作用项 Crossing Terms 键伸缩-键伸缩相互作用 键伸缩-键角弯折相互作用 键伸缩-二面角旋转相互作用 键角弯折-键角弯折相互作用 键角弯折-二面角旋转相互作用 应用 TRIPOS, CHEM-X, AMBER, DREIDING, UFF和COSMIC力场中没有相互作用项 MM2和MMFF94只支持键伸缩-键角弯折相互作用项 MM3力场支持键伸缩-键角弯折、键角弯折-键角弯折、键伸缩-二面角旋转相互作用项 CVFF和CFF91都支持 能量是相对的 由不同的方法计算得到的能量的绝对值是毫无意义的。只有当它与同体系的其他构象计算得到的能量相比较时才有意义。 分子力学-----分子力场分类 力场分类规则 定义：把键长、键角、二面角分成不同类型，同种类