ADF教程：如计算转移积分.pdfVIP

费米科技（北京）有限公司 刘俊 如何计算转移积分-ADF （1）首先得到发生电荷转移的体系的总体结构，通常预先由用户给定，或通过几何结构优化得到。 假设用户已经得到体系的结构，如下图所示： 如上图所示，主要分为两个部分，两个部分之间发生了电荷转移，下面要演示的，就是如何计算如上 图所示的结构中的电荷转移积分。 （2 ）保存总体任务文件： 参数设置如上图所示，点击菜单File——Save as，保存任务，例如名为TransferInt ，但不计算。 （3 ）保存其中一个片段计算的任务文件： 选中其中一个片段的一个原子，然后按CTRL M，从而选中整个分子； 费米科技（北京）有限公司 刘俊 按CTRL X 键剪切（注意一定是剪切，因为后面要用到这个分子的坐标），留下剩余的部分： 点击菜单File——Save as，保存任务，例如名为Thymine ；但不急于计算。 （4 ）保存另外一个片段计算的任务文件： 费米科技（北京）有限公司 刘俊 在上一步的界面中，按CTRL A 全选，然后按del 键删掉上一步计算的分子，然后按CTRL V 将上一 步剪切的分子粘贴到当前窗口。然后执行File——File——Save as （注意一定是Save as ），保存为另外 一个文件，例如名为Adenine 。 （5 ）运行两个任务片段任务： 在当前ADFinput 窗口，点击SCM-Jobs，打开任务管理器。运行Adenine 与Thymine 两个任务，两 个任务不分先后，也可以同时运行。 运行完毕后进行第6 步。 （6 ）计算转移积分： 在任意ADFinput 窗口，执行file——open，打开TransferInt.adf 文件，并增加设置如下： 用前面的方式，选中Adenine 分子，并如下图所示，添加Region： 费米科技（北京）有限公司 刘俊 点击红色方框所示的+号，添加Region： 费米科技（北京）有限公司 刘俊 将上图中红色方框内人Region 名字分别改为对应的，Adenine 和Thymine 。原则上，命名是随意的， 但避免使用中文字符和空格等。并且最好与片段计算保存文件名字对应起来，这样避免弄错片段。 费米科技（北京）有限公司 刘俊 第5 步完成之后，会分别得到Adenine.t21 文件和Thymine.t21 文件。按下图所示的设置，尤其注意 上方红色方框内的勾一定要选上，下方红色方框内，需要点击，并分别选中第5 步产生的Adenine.t21 文 件和Thymine.t21 。 另外，需要设置Symmetry 为Nosym，如下图所示： 费米科技（北京）有限公司 刘俊 到此为止，计算任务的设置完毕。点击File-Save 。并运行此任务。 （7 ）结果查看： 转移积分的结果是在*.out 文件中以文本的方式显示，在ADFinput （TransferInt.adf ）窗口，点击 SCM——Output： 费米科技（北京）有限公司 刘俊 备注：上图显示的数据与实际计算不同，上图数据仅为示例（该数据采用DZ 基组，LDA 泛函等 默认设置参数计算得到）。