蛋白质深度分析以及基因的退化模型.pdfVIP

摘要 本论文由两个部分组成．第一部分讨论深度问题，第二部分讨论进化问题． 蛋白质残基的深度问题一直是蛋白质结构研究领域的一个重要问题．目前在生 物学中已经有一些方法定义．我们在这篇论文中利用统计深度函数，用几何学的方法 给出了一种新的残基深度的定义与计算方法．并得到以下结论： 1．给出蛋白质中氨基酸深度倾向性因子的定义。深度倾向性因子不仅跟氨基酸 的疏水性有很大的相关性。另外跟氨基酸的带电性和极性等物化性质也有很大的关 系，我们给出了它们的回归特征。 2我们利用深度倾向性因子，对蛋白质的系列特征进行分析，如蛋白质半径跟 蛋白质残基数目之间的关系；蛋白质的残基的总数目和表面残基数目的线陛关系；并 且得到蛋白质的平均深度和最深点深度与蛋白质残基数目呈线性关系． 3．通过统计分析，我们给出了多肽链的深度在蛋白质三维结构中的预测方法， 并且得到了一批总在蛋白质表面的四肽链． 4最后我们给出了蛋白质空间形态中的一些重要特征的计算方法： “空洞”与 “口袋”的小球滚动法． 论文的第二部分主要是研究进化的数学模型的应用和基因各个位置之间进化速 率的关系．我们首先介绍了在进化和遗传推断过程中的数学模型．然后给出了二重比 对sPA算法的—个扩展