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生物信息学概论
生物信息学概论
第四章多序列比对
Bioinformatics, 2014, HUST
多序列比对：简介
多序列比对：简介
多序列比对：简介
1. 不同物种中，许多基因的功能保守，序
列相似性较高，通过多条序列的比较，发
现保守与变异的部分
2. 可构建HMM模型，搜索更多的同源序列
3. 构建进化的树的必须步骤
4. 比较基因组学研究
5. 两类：全局或局部的多序列比对
6. 本章：全局多序列比对
Bioinformatics, 2014, HUST
全局多序列比对
全局多序列比对
全局多序列比对
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Bioinformatics, 2014, HUST
Recall: 双序列比对
Recall: 双序列比对
Recall: 双序列比对
2
时间复杂度：O(n )
Gap V D S C Y
Gap 0 4 -11 -22 -33 -44 -55
V -11 4 -7 -18 -29 -40
2
E -22 -7 6 -5 -16 -27
S -33 -18 -5 10 -1 -12
L -44 -29 -16 -1 9 -3
C -55 -40 -27 -12 8 7
Y -66 -51 -38 -23 -3 15
Bioinformatics, 2014, HUST
多序列比对：最优算法
多序列比对：最优算法
多序列比对：最优算法
多项式时间复杂度：≤O(n3)
3
三条序列：时间复杂度：O(lmn) = O(n )
四条序列：时间复杂度：O(n4) ，非多项式时间！
…
m条序列：时间复杂度：O(nm) ，指数时间！
Bioinformatics, 2014, HUST
动态规划算法：全空间
动态规划算法：全空间
动态规划算法：全空间
/CBBresearch/Schaffer/msa.html
Bioinformatics, 2014, HUST
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