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新基因和新SNPs发现与鉴定
大部分新基因是靠理论方法预测出来的。比如啤酒酵母完整基因组 (约1300万bp) 所包含的 6千多个基因，大约 60％ 是通过信息分析得到的。 a)、利用 EST 数据库 (dbEST) 发现新基因和新SNPs 国际上现已出现了几个基于EST的基因索引如UniGene (/pub/schuler/unigene) , Merck-Gene index(/est/esthmpg.html ) , GenExpress-index ( ) ，这些基因索引数据库(即二次数据库)构建 了基因框架，极大地方便了相关研究者。 超大规模计算 b)、从基因组 DNA序列中预测新ORF SNP: Single Nucleotide Polymorphisms HUMAN GENETIC DIVERSITY: The Ultimate Human Genetic Database Any two individuals differ in about 3 x 106 bases (0.1%). The population is now about 6 x 109. A catalog of all sequence differences would require 18 x 1015 entries. This catalog may be needed to find the rarest or most complex disease genes. EST数据库质量相对较低，就象许多文献报道，发现了许多内含子，克隆载体，多酶切点，ALU以及3’、5’非翻译序列(统称污染序列，也称载体序列或非insert序列)被包含在EST数据库中，这使得EST序列分析复杂化。因此在进行Contig电脑组装之前，需要探测并去除EST数据库中的污染序列。 ? 181 201 221 240 tactgggtgggaactcaccgcagtgcaggcaaagctatgggccagactgcttctctagga 241 261 281 300 ttcctcctcactggggcaggggcatctctggaaggaaagggcggcagcccccaggctcgt ----- 301 321 341 360 gccgaattcttgggcctcgaggggccaaattccctataggtgnggtcgtatttaaattcg --------- 361 381 395 gtaatcaggtccnaggctgtttccngtgtggaant ? 图1.1 EST序列H67267尾随载体示图 图中下划线部分为Eco RI酶切位点和相应的Adaptor序列， 尾随86bp的PT7T3D载体polylinker，该EST为反向测序序列 ? 为探测并去除EST数据库中的污染序列，必须建立载体库，对种子库和人EST库中的每条序列扫描其前端和尾部检查上述非Insert序列，并去除。 全长cDNA标注涉及到mRNA的5’端即转录起始位点区、第一个ATG、开读框架、终止密码子和3’端的确认。目前国际上各种二次数据库的建立和公布，使得我们有可能利用现有的数据源，通过同源性比较来预测mRNA的5’端，最常用的与转录起始位点相关的数据库是真核启动子数据库(The TRADAT Project , Eukaryotic Promoter Database, EPD. http://www.epd.unil.ch/ )。 开读框架(Open Reading Frame: ORF)的预测常与第一个ATG和终止密码子的确定相关，但由于EST序列相对较低的测序质量，在测序过程中出现的碱基删除或插入错误(称为indel错误)将引起读框移动，甚至出现假终止密码子，所以，仅凭第一个ATG和终止密码子是不足以确定ORF的。 我
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