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该技术能够快速在目标基因组的染色体中确定特异DNA结合蛋白的准确结合位点，ChIP芯片也可以在一个基因组的任何感兴趣的区域内寻找染色体的结构改变。 一、ChIP-Chip的用途 （1）在基因组范围内确定基因转录因子的DNA结合位点和其他DNA结合蛋白或蛋白复合体的DNA结合位点。 （2）染色体活性状态的定量分析。 （3）组蛋白修饰的功能研究。通过用酰基化或甲基化的组蛋白的特异抗体和没有进行修饰的组蛋白的特异抗体，可以确定与组蛋白修饰有关的结合模式的变化。 （4）聚合酶活性的定量分析。 （5）精炼生物信息方法，用功能数据来确定启动子的位置。 二、具体实验原理和实验步骤 染色质免疫沉淀芯片流程图 三、GeneChip-TilingArray技术简介 Affymetrix公司于2006年1月24日宣布推出GeneChip（R）人类和鼠源嵌合芯片（TilingA，ray）系列产品。该系列芯片研究范围大大超出已知编码蛋白序列，可以对整个人类和小鼠基因组进行系统的研究。研究人员可以利用这一芯片对转录因子和其他蛋白结合结构域进行研究。最近，更有研究人员利用Affymetrix的嵌合芯片在过去认为是垃圾DNA的区域中间找到了许多以前从未发现过的转录活性区域。嵌合芯片（TilingArray）是迄今为止分辨率最高的基因芯片类型，其探针设计几乎涵盖了目标DNA的全部序列。迄今为止，Affymetrix公司已经开发出了人、小鼠、酵母、线虫、拟南芥等模式生物的全基因组Tiling芯片，为全基因组规模上研究目的蛋白与核酸的相互作用提供了强有力的分析工具。GeneChip-TilingArray除了全基因组芯片外，还包括了专门应用于ChIP—Chip技术中的人启动子和小鼠启动子两款芯片，探针设计覆盖了转录起始位点附近10kb的范围，可针对肿瘤相关的1 300个基因，覆盖范围更是增加到了12.5kb。 1882年，德国细胞学家弗莱明首次公开发表了细胞有丝分裂现象的观察结果，他的工作也被看作是科学史上最重要的发现之一。除了对有丝分裂进行描绘以及命名之外，弗莱明还对这一过程中看似起关键作用的物质——染色质作了标记。 目前，它是生物学两个最热门领域——基因组学和蛋白组学研究关注的焦点。但是，不同之处在于：弗莱明采用的是光学显微镜和装有少量苯胺染色的玻璃瓶对其进行研究，而最新的基因组阶段的染色质研究采用的是尖端的技术——染色质免疫沉淀作用测定法（ChIP）。 基因组学和蛋白组学都将把染色质作为研究对象，但两个领域采用的方法各异。在基因组学研究中，研究人员通常从一个蛋白质开始研究，采用ChIP去找出与基因组关联的蛋白质。而蛋白组学研究采用的是反向方法，先用一个特殊的DNA序列作为寻找蛋白质的诱饵；然后用ChIP去证实：那些蛋白质就是在体内与DNA序列相关联的蛋白质。 四、使用说明： 1. 样品超声处理条件的优化： A. 准备适量冰浴预冷的PBS，以及100mM PMSF。将SDS Lysis Buffer适当温浴，使其中的SDS充分溶解，并混匀。 B. 将细胞培养于10cm细胞培养皿中，细胞培养液的用量为10 ml。在预期发生目的蛋白和基因组DNA结合的时间点，直接在细胞培养液中加入适量甲醛，轻轻混匀，至最终浓度为1%。随即在37℃孵育10分钟，以交联目的蛋白和相应的基因组DNA。例如，对于常规的每个10cm细胞培养皿中加入10 ml细胞培养液的情况，需加入270微升37%甲醛。请注意尽量使用高质量的在有效使用期限内的甲醛。细胞也可以培养于6cm细胞培养皿中，相关溶液的用量需按照比例进行相应调整。 C. 加入1.1ml Glycine Solution （10X），轻轻混匀。室温放置5分钟。 D. 将有细胞样品的培养皿置于冰浴上。吸尽含甲醛和glycine的培养液，尽量保持没有液体残留。 E. 在上述室温放置5分钟期间，用冰浴预冷的PBS稀释100mM PMSF至1mM，即配制成冰浴预冷的含1mM PMSF的PBS。PMSF水性溶液一定要新鲜配制，其在水相中的半衰期约为30分钟。 F. 加入5-10ml冰浴预冷的含1mM PMSF的PBS，洗涤细胞，吸尽液体，尽量保持没有液体残留。 G. 再加入5-10ml含冰浴预冷的1mM PMSF的PBS，进一步洗涤细胞，吸尽液体，尽量保持没有液体残留。 H. 加入1ml冰浴预冷的含1mM PMSF的PBS，用细胞刮子刮下细胞，收集至离心管中。如果细胞可以用枪吹打下来，也可以用枪吹打。对细胞进行计数，分装成每管大约100万细胞。 I. 4℃，800-1000g离心1-2分钟，以充分沉淀细胞。如果发现沉淀不充分，可以适当延长离心时间。吸尽上清，尽量减少液体残留。 J. 配制适量含有1mM PMSF的SDS Lysis Buffe