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Topos40软件分析MOFs拓扑实例.ppt
Topos4.0软件 分析MOFs拓扑实例 王飞 福建物构所张健课题组 2012.06.15 主要内容 Topos4.0软件下载 官方网站：http://www.topos.ssu.samara.ru/ 软件使用前检查及主要功能简介 Topos4.0分析MOFs拓扑实例 Topos4.0软件下载 Topos4.0软件官方网站：http://www.topos.ssu.samara.ru/ Kit文件下载 软件使用检查 主要功能简介 主要功能简介 分析MOFs拓扑实例 以ZIF-8 为例，演示topos4.0软件分析MOF拓扑类型的具体流程 多核金属和簇单元处理 断键型分子筛-LTA 拓扑分析 具体流程 .cif 文件导入，生成.cmp文件； 运行“IsoCryst”，点击图标， 查看分析结构； 运行“autoCN”，点击图标， 分析配位数； 运行“ADS”，点击图标， 分析结果。 Zif-8为例分析MOFs拓扑的具体流程 运行“IsoCryst” 运行auto CN 运行“ADS” 多核金属和簇单元处理-配位键弱化成氢键 IsoCryst AutoCN IsoCryst ADS Simplify adjacent matrix ADS 断键型分子筛-LTA 拓扑分析 Import，IsoCryst AutoCN Simplify adjacent matrix IsoCryst ADS Isocryst ADS Export diamond AutoCN ADS 小结 Topos4.0功能强大。除分析拓扑外， 作图（isocryst）； 分析tilings， 产生3dt软件的输入文件； 导出各种不同格式文件，cif文件可用于diamond作图， systre.cgd文件可用于systre 软件的输入文件；等等。 对简单的化合物，智能化程度较高，如ZIF-8，全部按照默认操作进行即可。 不具备纠错功能。 分析拓扑的目的在于简化，便于结构描述和他人的认知，单纯的new topology 没有任何意义。对同一结构，不同的人进行分析可能会得到不同的结果，没有对错之分，关键是选取节点要有一定的化学意义，和结构描述有关联性。因此，做拓扑分析前，需要对化合物的结构很熟悉，做到心中有数，合理选取节点。 * 可以直接在http://www.topos.ssu.samara.ru 网站上免费注册下载。除主程序之外，网站还提供说明帮助文件以及使用教程。 为方便大家使用，网站把主程序和ttd，tto等文件集成在一起，制作成kit文件。我们只需要下载kit文件，解压即可使用。 IsoCryst Dirichlet AutoCN HSite DiAn (Distances and Angles) IsoTest ADS 双击此代码， 查看ZIF-8的一些信息。 Zhong min Su, CrystEngComm. 2012, DOI: 10.1039/c0xx00000x Import .cif Hai-Xia Zhang, Jian Zhang*, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (31), 11884–11887 *
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