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临床检验病原生物学 第一章 细菌系统分类学概述 顾兵 g163.com 江苏省人民医院医学检验科临床微生物室 KEY POINTS Bacterial taxonomy is the science of identification, classification and nomenclature. Identification is the process of determining that a bacterial isolate belongs to one of the established taxa. Classification is the arranging of bacteria into taxonomic taxa on the basis of relationships. Nomenclature is the assignment of names to taxa according to international rules. Identification schemes are not classification schemes. In general, the characters chosen for an identification scheme should be easily determinable. The process of classification may be applied to named taxa. If the organisms are new, they are named according to the rules of nomenclature and placed in an appropriate position in an existing classification. To achieve order in nomenclature, it is essential to keep to internationally accepted rules. The rules of nomenclature of bacteria apply to all bacteria. 第一节 分类和命名 分类单元及其等级 分类 目前细菌分类是以系统发育学为基础，利用分子生物学技术确定它们之间的亲缘关系 通过测定16SrRNA或23SrRNA序列，比较序列差异就可以得到细菌的种系发育树 种系发育树的完善：结合表型特征（如形态、生理、生化、免疫学等） 建立16 SrRNA系统发育树的意义 使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类 提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法 对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据 突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全新的分类理论 为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进行研究 Carl Woose的rRNA进化树完美无缺？ 随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转移现象 很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借助各种信息对这个进化树进行改进 人类基因组中的细菌基因？ 命名(nomenclature) 由于受语言所限，不同地区的微生物学家很难接受同一生物不同语言表示的名称，因此，生物学命名必须为通用语汇，细菌名称同其他生物的名称一样使用拉丁名 目前使用的细菌命名法则：1973年在耶路撒冷举办的第一届国际细菌学大会上，由ICSB (International Committee for Systematic Bacteriology)全体会议批准的国际细菌命名法则 1980年1月1日以后的细菌名称必须发表在国际系统细菌学杂志（International Journal of Systematic Bacteriology, IJSB）上 细菌命名法规分为 总则（general consideration） 原则（principles） 规则（rules） 辅则（recommendations） 总则（general consideration） 一个为全世界大多数细菌学家所接受的严密的命名系统将促进细菌学的进步 为使命名有法可循，必须使科学名称以国际所接受的规则为准绳 生物科学中科学命名的规则均收录在各种国际命名法则中 命名规则即不界定分类单元，也不决定它们的关系，这些规则主要保证分类单元的名称的正确性，同时也规定建立和提出新名称的手续 本细菌命名法则适用于所有细