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山东半岛潮间带红藻分子条形码鉴定-生物化学与分子生物学专业论文
独创声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的 研究成果。据我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其 他人已经发表或撰写过的研究成果,也不包含未获得 (注:如没有其他需要特别声明的,本栏可空)或其他教育机构的学位或证书使 用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明 确的说明并表示谢意。学位论文作者签名:签字日期:年月日---------------------------------------------------------------------学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定,并同意以下 事项:1.学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘,允许论 文被查阅和借阅。2.学校可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索,可以采 用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同时授权清华大学“中国 学术期刊(光盘版)电子杂志社”用于出版和编入 CNKI《中国知识资源总库》, 授权中国科学技术信息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》。(保密的学位论文在解密后适用本授权书)学位论文作者签名:导师签字:签字日期: 年 月 日 签字日期: 年 月 日山东半岛潮间带红藻分子条形码鉴定摘要红藻的传统分类学方法在很大程度上依赖于藻体的大小,颜色,质地,细胞 结构及生殖结构等特征。然而,红藻的形态在种内和种间有高度的可变性,藻体 的形态会随着环境条件的变化而发生一些相应的变化;生长在不同时期的藻体的 形态也会有所不同,会造成鉴定结果的模糊性。因此,只有经验非常丰富的分类 学家才能区分出一些相近的物种。本论文以从山东半岛采集的红藻为样品,利用 形态学方法和 DNA 条形码技术对红藻进行了分类鉴定。2011 年 10 月到 2012 年 12 月,在山东半岛潮间带地区总共采集了 600 株红 藻样品。首先应用传统的形态学分类方法,通过观察藻体的外部形态,显微结构 等,对比图鉴及查阅资料,鉴定出 7 目,16 科,30 属,35 种不同的物种,另有 一些未被准确鉴定出来的样品有 20 种物种只鉴定到目或科或属。在形态学鉴定基础上,应用 DNA 条形码技术对这些样品进行了分子鉴定, 采用的三个分子标记分别为 LSU(28S 核糖体大亚基序列),UPA(23S rRNA 基因 片段,通用质体扩增区), COI(细胞色素 C 氧化酶亚基 1)基因片段。共得到 527 条 LSU 基因片段,515 条 UPA 基因片段和 332 条 COI 基因片段。LSU 和 UPA 基因的扩增效率和测序效率明显大于 COI 基因的。经 K2P 法分析,LSU 基因几 乎没有种内变异度,种间变异度为 0.002-0.160;UPA 基因的种内变异度在 0-0.003 之间,种间变异度为 0.011-0.123;COI 基因的种内变异度 0.002-0.008,种间变 异度为 0.144-0.238。表明三个基因中,LSU 基因在三个基因中是最保守的,COI 基因的变异度最大,种间遗传距离明显大于种内遗传距离,利用这三个分子标记作为条形码基因有力的辅助了红藻的分类鉴定,通过三 个基因构建的 NJ 树,600 份样品被分成了 56 个不同的物种,属于 7 目,20 科, 40 属。除了 LSU 基因外,所有的样品在 UPA 和 COI 基因构建的系统发生树中 都被区分开来。其中有三个样品(代表样品 QDHQR23),由于没有 观察到他们的生殖结构特征,通过形态学方法没有被鉴定出来,但是在三个基因 构建的 NJ 树中均被鉴定为卷枝异管藻(Heterosiphonia crispella),而在国内文 献中均未有报道此物种在中国的分布,因此,这个物种在山东半岛地区可能是个 隐藏种或外来入侵物种;此外,研究还发现日本异管藻(Heterosiphonia japonicai)的遗传距离更接近绒线藻属而不是异管藻属,国外也有相似研究结果,这还有待于进一步研究验证。研究结果表明 UPA 序列和 COI 序列对不同的红藻物种能进行明确的分类, 由于 LSU 基因片段具有较高的保守性,所以它不适合用来区分亲缘关系相近的 物种,但是可以在科或属的水平上用来区分红藻物种。COI 基因片段的 barcoding gap 最明显,但是由于它的扩增效率和测序效率比较低,所以我们应当继续研究 合适的 COI 引物。本研究推荐将 UPA 和 COI 基因片段作为红藻 DNA barcoding 鉴定的候选序列,同时在物种分类鉴定方面,形态学方法和分子鉴定方法应结合 起来使用。关键词:红藻;DNA 条形码;形态
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