分子动力学模拟中非成键相互作用计算误差估计.pdfVIP

王涵：分子动力学模拟中非成键相互作用计算的误差估计 在讨论分子动力学模拟的精确度和速度时，最关键的问题是原子间相互作用的计算．首先，在一 个典型的分子动力学模拟中，相互作用计算 占总计算开销 的90％ 以上；其次，相互作用计算引入的误 差对分子动力学模拟精度有重要的影响．因此，一套快速和精确的相互作用算法对分子动力学模拟有 重要的意义．粗略地说 相互作用可以分为成键相互作用和非成键相互作用两类．成键相互作用的计 算可以以很小的计算开销实现，并且一般来说不会引入误差，因此，本文不作讨论．对于非成键相互作 用，由于计算资源的限制 绝大多数分子动力学模拟假设原子间只存在成对相互作用 f或称两体相互 作用)．在大多数情形下，两体相互作用 已经能很好的描述体系的分子间相互作用，因此是个合理的近 似．例如，有研究表明，水分子的三体相互作用只占总相互作用的约 14．5％_1]_由于经典分子动力学模 拟视原子为一个质点，因此，成对相互作用也假设为各项同性的 (isotropic)，此时，两体作用能够被原 子间距离完全决定，如最常见的Lennard—Jones相互作用 [1、Weeks—Chandler—Anderson相互作用 (31和 Born—Mayer相互作用 [4】．有时，整个分子也会被粗粒化为一个 粒“子”，这时分子间相互作用就有可能 不是各 向同性的，