非常好依据分子动理论力学各种软件使用详细总结.doc

Sensenbobo Blogging Sensenbobo blogging June 20, 2008 关于两个非平衡分子动力学模拟的命名 分析蛋白质，核酸等生物分子结构机械特性时，常常可以在模拟中对这些分子添加外来拉力，以模拟原子力学显微镜（AFM）的做法。 现在这中模拟方法的使用越来越多，叫法也比较混乱。原则性上，可以分为常速拉伸分子动力学模拟（constant velocity pulling MD simulation) 以后常力拉伸分子动力学模拟（ constant force pulling MD simulation)。其实就是模拟AFM实验中力学探针拉伸生物分子的动作。 在英文名称中，很多人把所有这些受力模拟称为“Steered MD simulation，这个称谓主要来自美国某为比较知名教授，本人觉得莫名其妙，同时十分难翻译。另外的一种称为与AFM联系起来，非别称常速拉伸与常力拉伸为”Force-probe MD simulation（FPMD）“和”Force-clamp MD simulation（FCMD）“。这种跟模拟原理相结合的称为比较合理，可以翻译为“力学探针分子动力学模拟”和力学“探钳分子动力学模拟”。 在此强烈建议各位帅哥靓妹使用这种与原理相结合的命名方法，不要在杂志上造成混乱。嘿嘿。 由 sen 发表于 02:28 PM | 回复 (5) April 25, 2008 进模拟的基本步骤行 /picb 以下是进行分子动力学模拟的最基本步骤，来自Gromacs维基。具体的步骤可能会因为模拟目标的不同而存在差异，这里只做基本的概述。 1. 十分清楚要什么样的模拟系统性质和现象，明白模拟的目标。2. 选择适当的工具以实现模拟目标。这需要熟知其他研究人员对相似模拟系统的模拟方法等资料，要好好读别人的论文，主要包括： -模拟使用的软件，当然还要考虑使用的力场，有时因为力场关系，需要更改使用的软件。 -力场描述了系统中原子的性质和相互作用，选择一个适合自己研究目标的力场至关重要，还是需要多看论文。根据sensenbobo血泪史和别人的经验，模拟核酸的话，可以采用amber力场，水分子可以使用TIP3P；模拟蛋白质的话，可以采用OPLS-AA，水分子使用TIP4P（重申一下，我本人没有跑过测试）。3. 获取模拟分子的坐标文件（PDB），或者自己生成一个。自己生成很好啊，强烈鼓励，但是要十分明白有一定的危险性，要明白每一步模拟系统的现象是为什么。4. 根据模拟软件，生成模拟系统初步坐标文件。5. 获取或者生成系统的拓扑文件，比如Gromacs的pdb2gmx命令，或者使用网络服务器PRODRG（google一下这几个字母），amber的leap命令和antechamber，NAMD的psfgen或者VMD。请参考相关手册。6. 给模拟系统添加一个盒子（盒子的翻译方法我十分不喜欢，箱子显得太大，边界显得太难理解，但是盒子听起来想到蛋糕，我们是严肃的科学家。娃哈哈。）在盒子中添加水分子，添加离子如NA和CL之类（添油加醋，生活就是这样进行的）。添加任何东西到你的系统中，就要相应的修改一下拓扑文件，以保持与系统对应，不然会出错哦。7. 进行能量最优话。这样做是消去系统中原子之间距离太近造成的高能量。必要的时候，分子可以现在真空中能量最优话，然后再做溶剂环境中能量最优话。8. 选择恰当的模拟参数模拟平衡模拟系统。需要慎重考虑力场的作用，必要的时候保持系统体积温度不变（NVT系综）进行位置限制性平衡系统，然后在保持系统温度压强不变（NPT系综）修正系统的密度。然后再选择正确的系综（NPT，NVT，NET，BT？？）进行数据收集。（真烦！）9. 跑足够长时间的模拟，使系统达到理想的平衡。使用模拟软件的工具或者其他软件观察系统的性质，如温度，能量瞪瞪。10. 使用适当的参数进行数据采集模拟，注意模拟衔接过程中各个系统性质保持不变，如果原子速度之类。这里还要考虑力场的作用，同时要考虑怎么测量描述模拟目标。11. 模拟足够长的时间使模拟目标明显出现（可能也出现跟你期望相反的结果，出现率应该百分之五十，加上个人感情因素，可能会达到百分之八十。保重！）。12. 分析模拟结果，解释得到结果。要好好利用视图工具，同时要十分注意漂亮的三维图说明不了什么问题。图表，比较，统计，一个都不能少。 就这样吧。 由 sen 发表于 04:50 PM | 回复 (6) January 31, 2008 LEAP是一个好东西！！ 前天突然想找一个D-ALA的残基，想接一段含有D-ALA的肽段，太PDB库里有很多，但是最后还是leap帮我搞定啦。 leap是amber的分子建模软件，有tleap和xleap两个版本。 t