基因树和物种树关系及建树方法.docVIP

基因树和物种树的关系及建树方法 一 .基因树和物种树 概念 二者关系 二 构建基因树或分子树 同源DNA排序问题 分子生物学数据类型(2种类型) 数据转换 建树方法(主要介绍四种方法) 非加权组平均法(UPGMA法) 邻接法(NJ法) 最大简约法(MP法) 最大似然法(ML法) 几种建树方法的比较 一 基因树和物种树 gene tree 分子树(molecular tree)： 依据分子数据构建的反映分子系统发育的树 物种树(species tree)： 反映物种实际种系发生的树 系统发育（Phylogeny）：是指一群有机体发生或进化的历史. 系统发育树(Phylogenetic tree): 就是描述这一群有机体发生或进化顺序的拓朴结构。根据系统发育树的具体表达形式,可分为 基因树(Gene tree): 当一个分子系统树是根据某一个基因数据构建而来的,称为基因树. 物种树(Species tree): 是指代表一组物种进化过程的系统树. 基因树与物种树的关系 分子系统学的目的,就是通过分子树来推测物种树. 在许多情况下这两者是一致的 但是下列一些因素可能会造成分子树与物种树相偏离. A． 遗传渗漏 即 DNA跨越物种界限的转移. 如果在构建分子树是采用的是从其它物种水平转移