大熊猫健康和寄生虫检测大熊猫肠道微生物宏基因组代谢.docVIP

大熊猫健康和寄生虫检测（大熊猫肠道微生物宏基因组、代谢组及蛋白组研究）技术参数 一、60个大熊猫粪便样品宏基因组测序 1 取样 中标供应商安排专人上门收取所有样品 2 DNA质检和片段化 利用1%琼脂糖凝胶电泳和TBS380检测基因组DNA，使用Covaris将基因组DNA片段化 3 文库构建 采用原装进口建库试剂盒进行宏基因组文库构建 4 测序平台 Ilumina Hiseq测序平台进行宏基因组测序，测序过程中原装进口测序试剂盒，测序读长为PE150 5 数据质量 原始下机数据测序质量要求：要求Q20≥90%，Q30≥80% 6 数据量 每个样本至少8G clean data 7 数据质控 序列优化（Index、接头序列去除、碱基质量剪切等）、混合拼接组装 8 标准分析内容 1、基础分析 microPITA 分析（从多样性项目中挑选具有代表性的样品进行宏基因组测序） 序列组装与基因预测 物种与功能注释 物种与功能组成分析 样本比较分析 物种与功能差异分析 关联和模型预测分析 基于reads 的物种和功能注释 2、对于所有宏基因组测序样本进行Binning组装，拼接优势微生物基因组草图。 3、微生物多样性和代谢组学整合分析 1) 相关性分析（correlation analysis） 2) 普氏分析（Procrustes analysis） 9 结果报告 内容： 结题报告 结果文件