最新PERL在生物信息学中的应用.pptVIP

相关函数 length()：字符串长度 uc, lc, ucfirst, lcfirst：改变大小写函数 substr, index, pos：字符串函数 sin等三角函数 rand(), srand()：随机发生函数 $lastchar = chop($str) # 截去最后一个字符 $result = chomp($str) # 截去末尾的行分隔符（通常为”\n”），行分隔符由$/定义 * hhjkl 控制结构 if(condition1){} elsif(condition2){}else{} unless(){} until(){} do{} until() while(){} do {} while () for(;;){} foreach循环语句 * hhjkl foreach 语法：foreach $w(list|array){statement} ()内可以是数组@a，也可以是列表(1,2,3) 数组元素值可以修改，列表则是常量 $w不影响本来已定义的变量$w，循环结束后恢复 可以用$a(@a)用相同的变量名称 示例： foreach $a(@a){}用于数组 foreach $a(1,2,3,4){}用于列表 foreach $k(keys %h){}用于哈希/散列 foreach $a(@a[1,2,4]){}仅对数组部分元素 foreach (@a){}缺省循环变量为$_ * hhjkl 循环控制 last：退出循环 next：进入下一循环 redo：重新执行本次循环 goto：跳转 continue{statement} * hhjkl 单行条件语句与循环语句 print $a if $a==0; print $a unless($a==0); print $a while ($a--=0); print $a until ($a--==0) 用||，的条件语句：$a==0print $a; open(F,’file’)||die “can’t open”; die函数：在控制台标准错误输出信息后退出程序。 warn： 输出信息后不退出程序，只起警报作用。 $!：内部变量，包含错误代码。 $@：内部变量，包含错误信息。 * hhjkl 列表——数组的形式 形式：(1,”a”,2.3, $a, $x+1)，其元素可以是数字、字符串、变量、表达式 空列表()，单元素列表(2)不同于标量2 qw(1 $a str) ()可以用其他符号表示，如 元素可以是数值、变量、不带引号的字符串，中间用空格分开 * hhjkl 范围表示的列表 ..：范围运算符，每次增加1，如1..3 (1..6)=(1,2,3,4,5,6) (1,2..5,6)=(1,2,3,4,5,6) (3..3)=(3) (2.4..5.3)=(2.4,3.4,4.4) (4.5..1.6)=() (“aa”..”ad”)=(“aa”,”ab”,”ac”,”ad”) $month=(’01’..’31’) ($a,$a+3)=(3,4,5,6) if $a=3 * hhjkl 数组——列表的存储 @a=(1,2,3)，不同于$a，初始值为() 元素形式：$a[0]表示第一个元素，索引从0开始，$a[-1]表示倒数第一个元素 数组的赋值： @a=(1,2,3,4); @b=@a; @b=(2,3); @a=(1,@a,4); @a=; #从屏幕输入进行赋值，按下CTRL-d结束 改变元素的值：$a[1]=3; 超出数组大小的元素赋值：$a[5]=6; #自动增长，其他元素为NULL 读取不存在的元素为空：$b = $a[6]; * hhjkl 数组的读出 @a=(1,2,3); $a=$a[1]; ($x, $y, $z)=@a; ? $x=1, $y=2, $z=3; ($x, $y)=@a; ? $x=1, $y=2; ($a,$b,$c,$d)=@a; ? $a=1, $b=2, $c=3, $d=“”; $a=@a=$#a+1; # $a为数组长度，$#a为数组的最后一个元素的索引 ($a)=@a; # 数组的第一个元素$a[0] 打印数组：print @a; # 元素直接相连 print “@a”; # 元素之间用空格分开 * hhjkl 数组片段 @a=(1..5) @sub=@a[0,1,3]; @a[1,3]=(“a”,”b”); @b=(1,2,3); @sub=@a[@b]; @a[1,2]=@a[2,1]; @a[1,2,3]=@a[3,2,4]; * hhjkl 数组操作函数 sort：缺省按字母排序 $a, $b表示数组元