DNAMAN使用说明[管理资料].docVIP

DNAMAN使用说明书 ???? DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。 打开DNAMAN，可以看到如下界面： 第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏： 第三栏为浏览器栏： 在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。 本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。 1．将待分析序列装入Channel （１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。 2． 以不同形式显示序列 通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：Sequence Composition 显示序列和成分 Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列 Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列 RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列 3．DNA 序列的限制性酶切位点分析 将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对 话框，如下所示： 参数说明如下： Results 分析结果显示 其中包括： Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图） Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点） Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点） Target DNA （目标DNA 特性） circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化） all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果 选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶 分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。 选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框： 参数说明如下： Enzyme 代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz， 如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz 数据文件包含180 种 限制酶，dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的 显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列 出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites）， 然后点击按钮出现下列对话框： 输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切 位点。 Cutter 酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端，其中包括，Blunt（平