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基于表面DNA计算模型解决排课表问题 　　摘要：考虑到教师、班级以及课时等的不同要求，复杂的排课表问题就属于NP问题。为了使排课表问题更加简捷，方便，提出了基于微量点样技术的表面DNA计算模型。在实验中，通过对每次结果进行记录和比较，得到了满足问题要求的可行解。不需要改变问题的初始点列，适于研究规模较大的问题。 　　关键词：DNA表面模型；排课表问题；0-1规划问题 　　中图分类号：TP301.6 文献标志码：A 　　文章编号：1672-1098（2014）01-0011-04 　　随着电子计算机的微处理能力接近极限，研究新的计算机结构成为现阶段的研究热点。通过许多学者对DNA计算模型和DNA计算可行性的研究[1-4]， 使DNA计算从理论到实践成为可能。DNA计算主要是根据DNA结构的特点，将问题变量映射为特定的寡聚核苷酸片段，进行退火杂交反应，利用DNA具有存储海量信息的特点，在一定的判断准则和相应的生物操作下，得到问题的可行解。 　　微量点样技术[5]主要是用于制作基因芯片，是指将一些提前设计好的特殊的DNA单链片段按照问题的要求依次排列并固定于物体表面上，利用DNA的碱基互补配对原则与待测的DNA单链片段进行杂交反应。然后利用相应的检测技术对结果进行观察并记录，通过多次反应，比较结果，最后得到问题的可行解。微量点样技术具有存储量大，并行性好等特点，对于研究规模较大的问题具有一定的优势。 　　1排课表问题 　　排课表问题是指在一定的条件下，对有限的资源进行合理的分配，使得课时安排在满足问题要求的情况下，使用的课时数最少。在现实中，由于考虑到教师、班级以及课时等的不同情况，这样的排课表问题就是NP问题。简单的一些排课表问题与0-1规划问题的思想基本相同。许多学者提出以图的着色算法来解决排课表问题[6-8]。周康等在图着色算法的基础上，提出用闭环DNA计算模型解决排课表问题[9]。文献[10]提出了用AcryditeTM分离技术建立DNA模型解决简单排课表问题，在每次循环的过程中需要重新构建凝胶柱。本文在0-1规划模型[11-12]基础上，提出了排课表问题的基于微量点样技术的表面DNA计算模型，在这一过程中，不需要改变问题的初始点列，通过对每次结果进行记录和比较，就可得到满足问题要求的可行解。 　　根据0-1规划问题的模型，可以用DNA表面计算模型求解一类简单的排课表问题。假设有r名教师和s个班级，教师ri给班级sj上tij节课，要求在一定的约束条件下，用最少的课时设计课程表。 　　2排课表问题的DNA计算模型 　　这里，我们以一个简单的排课表实例为例构造DNA计算模型。有3名教师r1，r2和r3，4个班级s1，s2，s3和s4，对应的课时情况T=[tij]为 　　T=111001100011 　　在该问题中的条件为：一名教师只能在一个课时给一个班级上课。一个班级在一个课时只能参加一个课程。s1和s4只能在x1上课。s2只能在x2上课。r3只能在第二课时给s4上课。我们约定有足够的教室可用。 　　21生物算法 　　简单的排课表问题可以用0-1规划的思想来构造模型，其基本算法是：首先构造给定变量的相应的点列。根据问题的每一要求条件得到对应的可行点列，生成剩余的点列，检验剩余的点列，直到所有的点列被检验完，从而得到满足问题要求的可行解。它的生物算法可描述为： 　　1） 生成对应问题不同变量的单链DNA片段，利用微量点样技术，按照点阵的形式微量点样于物体表面（如玻片），用两种不同颜色的荧光对相应变量的补链进行标记，把经过标记的单链DNA片段制成探针。 　　2） 在表面加入对应于每个变量的补链。含有该变量的点列将与对应的补链进行杂交并产生不同颜色的荧光，判断荧光的颜色是否符合要求，利用荧光成像技术记录符合要求的点列。 　　3） 加热表面恢复单链的形式，用缓冲液冲洗掉被分解的探针。 　　4） 重复进行（2）、（3）（对于（2）中已经判断为符合要求的点列不予考虑），当所有的点列被检验完时，分析每次结果可得一个符合要求的课时安排。 　　22编码和生物操作 　　对应于上述的实例，它的编码和生物操作如下： 　　2） 用6～9个原子的连接臂将DNA单链s1，s2，s3，s4和x1，x2按照问题的要求，以点阵形式固定到表面上，根据每位教师给不同班级的上课情况，排成8行、3列，当教师不给某班级上课，或班级上课不限制在规定的教室时，该处排列为空，如图2所示，第1，2，3列分别表示教师r1，r2，r3的课时情况。因为点样排列是可寻址的，所以该方法在理论上是可行的。 　　图2所有课时情况的点样示意图 　　3） 在表面加入s1，x1对应的DNA探针，探针与s1，x1杂交并产生不同颜色的荧光，如图3所示。由于