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【整理】DNAMAN使用说明
DNAMAN使用说明书
???? DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例,简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN,可以看到如下界面:
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有十个常用主菜单,第二栏为工具栏:
第三栏为浏览器栏:
在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel 工具条,DNAMAN 提供20 个Channel,(如左所示:)点击Channel 工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel 中可以节约存取序列时间,加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel,然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1.将待分析序列装入Channel
(1)通过File Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。(初始为channel1)可以通过激活不同的channel (例如:channel5)来改变序列装入的Channel。(2)通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数。
2. 以不同形式显示序列
通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框,如下图所示:根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:Sequence Composition 显示序列和成分
Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列
Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列
Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列
Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列
RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列
3.DNA 序列的限制性酶切位点分析
将待分析的序列装入Channel,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis 命令打开对
话框,如下所示:
参数说明如下:
Results 分析结果显示
其中包括:
Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点)
Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图)
Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点)
Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点)
Target DNA (目标DNA 特性)
circular(环型DNA),dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化)
all DNA in Sequence Channel(选择此项,在Sequence Channel 中的所有序列将被分析,如果
选择了Draw restriction pattern,那么当所有的channel 中共有两条DNA 时,则只能选择两个酶
分析,如果共有三个以上DNA 时,则只能用一个酶分析。
选择所需的项目,然后按提示操作点击按扭,出现下列对话框:
参数说明如下:
Enzyme
代表(enzyme data file),点击旁边的下拉按钮,出现两个默认选项,restrict.enz 和dnamane.enz,
如果添加过自制的酶列表,则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz 数据文件包含180 种
限制酶,dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。选择其中一个数据文件,相应的酶在左边的
显示框中列出(按酶名称字母表顺序),鼠标双击酶名称,则对应的酶被选中,在右边空白框中列
出。要自制酶切列表,可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶(例如puc18 multiple cloning sites),
然后点击按钮出现下列对话框:
输入要保存酶列表的文件名,点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切
位点。
Cutter 酶切识别序列长度;End 酶切产生的末端,其中包括,Blunt(平
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