蛋白质二级结构DSSP直接获取.ppt

Maestro VMD Pymol 第六章 蛋白质结构预测与分析 更多PDB的功能及使用 图形软件 6.3.1 蛋白质三级结构：PDB获取 * 6.3.2 蛋白质三级结构：可视化 分子三维结构查看及分析软件VMD /Research/vmd/ * * 生 物 信 息 学 Bioinformatics 0233301510 巩晶 癌症研究中心 山东大学 医学院 2015.11.13 * 第六章 蛋白质结构 预测分析 ? * 序列 功能 结构 6.1 蛋白质的结构 发掘蛋白质的结构特征是理解蛋白质生物功能的基础，对于生物医药整个领域的研究非常重要。 * 蛋白质的结构可分为四级: 一级结构 Primary structure 氨基酸序列 二级结构 Secondary structure 周期性的结构构象，α螺旋， β折叠等 三级结构 Tertiary structure 整条多肽链的三维空间结构，3D结构 四级结构 Quaternary structure 几个蛋白质分子（亚基）形成的复合体，如四聚体 6.1 蛋白质的结构 * 6.1 蛋白质的结构 一个氨基酸的α-羧基和另一个氨基酸的α-氨基脱水缩合形成的肽键，并依靠肽键形成多肽链。 * V G S A sp|P06968|DUT_ECOLI MKKIDVKILDPRVGKEFPLPTYATSGSAGLDLRACLNDAVELAPGDTTLVPTGL AIHIADPSLAAMMLPRSGLGHKHGIVLGNLVGLIDSDYQGQLMISVWNRGQDSF TIQPGERIAQMIFVPVVQAEFNLVEDFDATDRGEGGFGHSGRQ 6.1 蛋白质的结构：一级结构 * β折叠（β sheet）: β折叠由β折片（β strand）平行排列而成。 90o 90o 无规卷曲 (coil): 无规律松散结构。 转角（turn）: 如果肽链发生了急转弯 (角度大于90°)，这个转弯结构叫转角。 螺旋: 最常见的就是α螺旋。 6.2 蛋白质二级结构 * 6.2 蛋白质二级结构 * DSSP (Definition of Secondary Structure of Proteins) ，即，蛋白质二级结构词典。DSSP并不预测二级结构，而是根据二级结构的定义对已经测定三级结构的蛋白质的各个位置指出是哪种二级结构。 主页 : http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp alpha-helix coil beta-sheet PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 6.2.1 蛋白质二级结构：DSSP直接获取 * 一个DSSP文件的一部分 二级结构 PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 6.2.1 蛋白质二级结构：DSSP直接获取 * 一个DSSP文件的一部分 二级结构 PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 H = alpha helix B = residue in isolated beta-bridge E = extended strand, participates in beta ladder G = 3-helix (3/10 helix) I = 5 helix (pi helix) T = hydrogen bonded turn S = bend Blank = loop or irregular 6.2.1 蛋白质二级结构：DSSP直接获取 * PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 6.2.1 蛋白质二级结构：DSSP直接获取 * http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp 输入一个PDB ID，获得该ID对应的DSSP文件，或者输入一个自己的PDB文件，获得该结构文件对应的DSSP文件。 * PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 6.2.1 蛋白质二级结构：DSSP直接获取 一级结构 二级结构 * PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 6.2.1 蛋白质二级结构：DSSP直接获取 /pdb/files/3cig.dssp ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molbio/data/dssp/3cig.dssp 可替换任何小写的 PDB ID * PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 6.2.1 蛋白质二级结构：DSSP直接获取 PDB/DSSP – 对于结构已知的蛋白质 6.2.1 蛋白质二级结构：DSSP直接获取 PDB数据库里存储的所有蛋白质的一级结构和二级结构都以FASTA的格式存储在一个叫做“ss.txt”的文本文件里。 /pdb/files/ss.txt/p