生物信息学在肿瘤研究中技术应用.pptVIP

生物信息学在肿瘤研究中的应用 张 新 宇 生物信息学的概念： A. 生物信息学是一门新兴的交叉学科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。 生物信息学研究的要素 计算机（服务器/工作站）及操作系统 专业人员 专业软件 Internet网络及生物学数据库 生物信息学研究分类 生物信息学和肿瘤研究的关系 What Can Bioinformatics Do in Cancer Research?How to Do? 肿瘤生物信息学平台简介 数据库平台 自主开发的综合分析体系 自主开发的其他独立功能软件 其他引进并安装调试好的软件包 平台的产生及发展 数据库平台：(基于Linux系统的MySQL数据库系统) 1) Reference, Locus Link, Unigene, Mapview及相关GenBank数据库。 2) Gene Ontology 数据库, 从细胞定位，基因功能，信号通路三个角度提供对各种基因的功能及所在信号通路的注释。 数据库平台(续) 3) UCSC Human Genome 数据库 (Golden Path)。 4) 格式化的Blast数据库 (nt, nr, human_est, htg, swissprot, yeast, mouse_est …)。 5) 实验室原始数据及分析结果数据库。(加密保护) Computational Velocity: Doubled after 18 months;DNA Data Quantity: Doubled after 14 months; 肿瘤生物信息学平台简介 数据库平台 自主开发的综合分析体系 自主开发的其他独立功能软件 其他引进并安装调试好的软件包 平台的产生及发展 自主开发的综合分析体系 cDNA, mRNA及EST序列的高通量综合分析平台 基因芯片数据分析平台 信号通路 (Gene-gene interaction)分析平台 cDNA, mRNA及EST序列的高通量综合分析平台 a) 序列格式化，包括去除载体，屏蔽简单重复序列，计算核酸组成及长度，以Fasta格式输出。 b) 比对Reference mRNA序列及Unigene序列，找出已知基因，并进行聚类分析。 c) 对新基因序列进一步与人类染色体比对，筛选出可靠的新基因序列，排除错误序列。 cDNA, mRNA及EST序列的高通量综合分析平台 (续) d) 新EST序列延伸，全长cDNA序列电子克隆及功能结构域分析。 e) 点突变或者SNP分析 f) 制作基因表达图谱 (PDF格式) Primary Analysis of Lung Cancer SSH cDNA Library Definition of EST ESTs offer a rapid and inexpensive route to gene discovery, reveal expression and regulation data (Vasmatis, et al,1998), highlight gene sequence diversity and splicing (Wolfberg and Landsman, 1997), and may identify more than half of known human genes (Hillier, et al, 1996). Procedures Elongated EST IDNo2_rlcrt0-000159.fas;Length=2540 ......AGCGGGTCCCGCCTCCCAGCGACTCTCGGCAGTGCCGGAGTCGGGTGGGTTGGCGGCTATAAAGCTGGTAGCGAAGGGGAGGCGCCGCGGACTGTCCTAGGTACACTTTTCTCATAAAGTTTAGCCTACAGAAACTATCGCCACCCAAATTAAACATCACCCAAGCTAATATTCTTTCCTCCTTCTAAAGATGAGCTAGCGAAACTTTTTATAGGTTGTCCCTTTAATGCAGCTTTTTAGAATAAACATTTTTACATTTTTTCTTAAAAGAATTATTTTTTGAAGTCTGAGGAAAAATCCGCTTGCCTAGTGAATTTGGCACACACAGAGTAACAACAAATCAAACTTTAAGCTAGCAACCAACACACAAAATAAGCATGCAAGGAATAGAATAAGTTTTATATGGATAAGGTATTTTAGCCAACTCCACTTATAAGGTATTACAA