R编程与进化分析-JinlongZhang.PDFVIP

编程与进化分析 第三部分 进化树及系统发育比较分析 金龙 年月 日 北京 金龙 编程与进化分析 年月 日 北京 目录 进化树及其构建 系统发育比较分析的核心程序包 物种形成和灭绝速率的估计 系统发育多样性 植物学名的处理 以及科属查询 金龙 编程与进化分析 年月 日 北京 目录 进化树及其构建 系统发育比较分析的核心程序包 物种形成和灭绝速率的估计 系统发育多样性 植物学名的处理 以及科属查询 金龙 编程与进化分析 年月 日 北京 什么是进化树 从序列等推断出的物种系统发育关系 ， 用树状 图表示 ， 即为进化 树 。 进化树是进行系统发育比较分析 的基础 。 体现分类单元甚至个体的等级结构 ， 不一定能体现系统发育关 系 。 体现分类单元甚至个体的系统发育关系 ， 具有精确的枝长 。 体现分类单元之间的系统发育关系 ， 枝长 以时间为单位 。 金龙 编程与进化分析 年月 日 北京 进化树的里程碑 年 ， 达尔文引入了亲缘关系的树状 图 十九世纪末 ， 海克尔用进化树表示物种之间的亲缘关系 。 年 ， 和 提 出了用简约法和极大似然法构 建进化树 。 提 出了分支理论 （ ） 年 ， 将简约法应用到构建进化树 中 。 年 ， 首次用极大似然法构建进化树 年 ， 和杨子恒将贝叶斯推断引入到进化树的构建 中 。 金龙 编程与进化分析 年月 日 北京 各种进化树 金龙 编程与进化分析 年月 日 北京 等就用这种格式 。 金龙 编程与进化分析 年月 日 北京 格式 是格式的升级版 ，可 以增加多种 。， ，等都使用该格式 。 金龙 编程与进化分析 年月 日 北京 其他格式 （ ） （ 金龙 编程与进化分析 年月 日 北京 重要概念 等距树 、有根树和外类群 等距树 每个末端分类单元都与根节点距离相 同 。 有根树 探讨某类群系统发育关系时 ， 在该类群之外 寻找的一个或者几