CT数据预处理流程讲义.docVIP

CT图像数据预处理流程 图像格式转换 如果现有的待处理数据均不是SPM可以识别的Analyze格式，则需要转换成Analyze格式。切记待转换的所有断层文件的大小一致（eg:均为258KB） 可以用MRIcro软件进行格式转换：（1）单击下图第三个选项（2）按第二个图中的数据选项依次填好（除文件数量不同之外）（3）单击select选项选择所要转换的文件夹，确定即可 头动校正：意义：realignment of functional time-series. 点击按钮窗口中的Realign下拉菜单中的Realign按钮（将同一被试者不同采样时间点上的3D脑图像对齐 number subjects[要处理的被试个数eg:1] number sessions,subj1[第一个被试者的试验次数eg:1] images,subj1,sess 1[选择文件夹中所有i.img文件],点done which option?[coregisterreslice] create what?【*All images+mean image] 结果SPM 将更新i.mat 文件，并文件夹中生成一个头动参数文件（rp_i.txt ），还在文件夹中生成meani.img/hdr/mat 文件跟ri.img/hdr/mat文件。(如果第一个被试者有n次实验，则头动校正结果为:在每个文件夹中SPM 均更新i.mat 文件，并分别生成一个头动参数文件（rp_i.txt ），还在文件夹中生成meani.img/hdr/mat 文件，并在图像窗口中显示n个试验的的头动曲线图，如下） 该图像为i.img文件结果 此图为meani.img文件结果 此图为ri.img文件 Coregister《图像融合（配准）》【头动校正仅对同一被试的同一种成像方法(或成像模态）有效，对于同一被试的不同成像方法所的图像，由于它们之间没有足够的可比性，就需要用图像融合的方法来做空间校正】 关键的步骤：点击按钮窗口中的Coregister .number of subjects/session[1] which Option[coregister only] Target image:[选文件夹下的T1.mnc或者别的模板]{第二次使用PET模板 Source image:[选功能像目录下的meani.img] Other image:[选功能像目录下的ri..img] 结果：生成一个spm2.ps文件 配准结果 第二次配准结果 Normalize【spatial normalizsation of image volumes to a template（空间标准化到一个模板上）】个体大脑在形状，大小等方面存在明显差异，所以我们将不同被试者脑图像标准化到同一个标准脑空间(通常是Talairach标准脑空间），使不同被试者脑图像同一像素代表相同的解剖位置） 为了确保最优的标准化，image 和template（模板）应该被放在相似的开始位置，这可以通过选择 Check Reg检查。 Normalize前需进行的操作:在SPM中选择default(系统默认值），在输入窗口中一次按如下输入： Defaults Area?[spatial normalize(空间标准化）].defaults for?[default for writing normalize.]preserve （保存）what?[Preserved concentrations]Bound （范围）box?[-90:90 -126:90 -72:108 (Template)] 第二次选79*95*69Voxel sizes?[3*3*3] Interpolation（插入）method?[Trilinear interpolation ]way to warp images?[No warp] 如下： Normalize具体步骤：点击按钮窗口中的Normalize按钮 然后Which option?[*Determine Parameters Write Normalised（目的是把image标准化到模板上，然后把normalize parameter《标准化参数》保存在mat文件里） Template image[文件夹中的T1模版（需提前把模版放入文件夹中）]【第二次为PET模板 Source image[eg功能像目录下的meani.img文件] Images to write[功能像目录下的ri.img文件] 当问第二个被试的Source image，如果没有，直接点击Done就可以。 标准化结果：生成wri.img/hdr文件 第二次结果 Smooth[空间平滑就是将