基于GPU的碳纳米管分子动力学并行仿真-计算机工程.PDF

第41卷　 第4 期 　 计 算 机 工 程 2015年4 月 　 　 Vol.41　 No.4 　 Computer Engineering April2015 ·开发研究与工程应用 · 文章编号:1000-3428(2015)04-0288-06　 　 　 文献标识码:A　 　 　 中图分类号:TP301.6 基于GPU 的碳纳米管分子动力学并行仿真 a a b a 孟小华 ,覃大胜 ,郑冬琴 ,周玉宇 (暨南大学 a.计算机科学系;b.物理系,广州510632) 摘　 要:基于计算机的分子动力学仿真具有理论分析方法和实验方法无法比拟的优点,但分子动力学仿真算法计 算量非常大,特别是在对碳纳米管的大规模粒子数进行仿真处理时,普通的基于CPU 的串行算法执行效率低且耗 时多。 为此,提出基于统一计算设备架构的碳纳米管分子动力学的图形处理单元(GPU)并行算法,设计并实现仿 真算法中适合GPU并行运算的分裂算法,将具有竞争资源的运算以非竞争方式运行。 实验结果表明,与CPU 串行 仿真算法相比,分裂算法的运算速度较快,且在只有16个GPU流处理器显卡上可获得十多倍的加速比。 关键词:碳纳米管;分子动力学;统一计算设备架构;并行计算;时间效率;加速比 中文引用格式:孟小华,覃大胜,郑冬琴,等.基于GPU 的碳纳米管分子动力学并行仿真[J].计算机工程,2015, 41(4):288-293. 英文引用格式:Meng Xiaohua,Qin Dasheng,Zheng Dongqin,et al.Parallel Simulation of Carbon Nano Tube Molecular DynamicsBased on GPU[J].Computer Engineering,2015,41(4):288-293. Parallel Simulation of Carbon Nano Tube Molecular Dynamics Based on GPU a a b a MENG Xiaohua ,QIN Dasheng ,ZHENG Dongqin ,ZHOU Yuyu (a.Department of Compute Science;b.Department of Physics,Jinan University,Guangzhou510632,China) 【Abstract】 Molecular dynamics simulation has advantages dramatically superior to both theoretical analysis and experiments.However,due totheextremelyhighcostofcomputationresourcesduringthesimulationofalargenumberof Carbon Nano Tube(CNT) particles,typical CPU serial algorithm implementation is non-efficient and slow.A Compute Unified Device Architecture(CUDA)based parallel algorithm of CNT molecular dynamics is proposed in this paper to take advantage of the data parallelism of Graphic Processing Unit (GPU).A CN