中国土拉弗朗西斯菌B型亚种新亚型的发现与溯源-中华预防医学杂志.PDF

中华预防医学杂志2015年11月第49卷第11期 ChinJPrevMed，November2015,Vol.49,No.11 ·983 · ·论著· 中国土拉弗朗西斯菌B型亚种新亚型的 发现与溯源分析 王艳华 乔富宇 曹菊 彭遥 夏连续 【摘要】 目的 对于北京市1例疑似土拉热病例，进行实验室诊断和溯源分析。方法 2012 年7月19日北京市报告1例疑似土拉热病例。从病例血液样本中提取基因组DNA后，采用土拉弗朗 西斯菌（土拉菌）3种特异基因（fopA,tul4和16SrRNA）和两种基因分型引物（C1C4和RD1），进行PCR 检测并对扩增子测序。另外两个实验室分别平行进行了fopA 的PCR扩增和测序。同时采用4个靶位 点（fopA、ISFtul2、23kDa和tul4）进行荧光定量PCR检测，并采用11个规范的SNP和4个插入/缺失进行 系统进化分析。结果 3种特异基因均得到阳性扩增，测序后得到的片段大小分别为409、407和 1053bp，经序列比对，显示病例感染的是土拉菌。两种基因分型引物扩增后分别得到了151和924bp 的序列，根据片段长度可判定病例感染的土拉菌为B型亚种。另外两个实验室对于fopA 的PCR扩增 和测序，均得到了阳性结果。4个靶位点的荧光定量PCR检测也均得到了阳性结果，fopA、ISFtul2、 23kDa和tul4位点的Ct值分别为30、25、28和30。系统进化分析显示，本研究中土拉菌和俄罗斯来源 的土拉菌聚在一个分支上，为B3亚型。结论 该病例确定为土拉热病例，本研究在中国发现了土拉 菌B型亚种的一个新亚型。 【关键词】 弗朗西丝菌，土拉热； 多态性,单核苷酸； 系统进化 Discovery and tracking source of the new subgroup of Chinese Francisella tularensis type B * * Wang Yanhua,Qiao Fuyu,Cao Ju,Peng Yao,Xia Lianxu. Department of Plague, National Institute for CommunicableDiseaseControlandPrevention,ChineseCenterforDiseaseControlandPrevention,Beijing 102206,China Correspondingauthor:WangYanhua,Email:wangyanhua@ 【Abstract】 Objective To perform laboratory diagnosis and tracking source of a suspected tularemiapatientinBeijing. Methods AsuspectedtularemiapatientwasreportedinBeijingcityonJuly 19, 2012. Genomic DNA was extracted from the blood sample of the patient, then general PCR and sequencing of amplicons were conducted using 3 specific genes (fopA, tul4 and 16S rRNA)Francisella tularensis(F.tularensis),and2genotypingprimers(C1C4andRD1).TwootherlaboratoriesrepeatedthePCR andsequencingofthefopA inparallel.Atthesametime,real-timePCRfluorescentrationwasperformed using 4 targets (fopA, ISFtul2, 23kDa, and tul4), and phylogenetic analysis was carried out using 11 canonicalsinglenucleotidepolymorphisms(SNPs)and4in