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分子模型实验报告 篇一：分子模拟实验实验报告生物大分子　　分子模拟实验作业——生物大分子　　一、实验部分　　12-3-1获得PDB号为“1HCK”的蛋白（human-cyclin-dependent kinase 2,i,e.,CKD2和ATP的结合晶体结构），并采用不同的模型观察其特点　　①分别用卡通模型和丝带模型显示生物大分子结构，并用球棍模型、棒状模型显示其中小分子、金属离子等。　　参考文献：　　Analysis of CDK2 Active-Site　　Hydration: A Method to Design New Inhibitors Zdeneˇk Krˇ?′z 　　PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 55:258–274 (XX) 　　12.2 分子对接　　①聚合物对接前效果图　　②聚合物对接后效果图　　对接后实际距离和设置的最优值　　12-3-2在样本文件中，创建冰的晶体结构，分别做温度为260K，273K，298K，373K下的分子动力学模拟（10 ps），观察晶体机构的变化情况，并做定性解释。 　　①不同温度下冰晶体结构图：  　　原始冰晶体结构图  　　由冰晶体在不同温度下的结构可见，随温度升高，冰晶体的各个水分子之间的距离不断增加，晶体结构趋向于